C8800 Rtg strukturní analýza

Přírodovědecká fakulta
jaro 2008 - akreditace
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Symetrie látek, bodové grupy, symetrie difrakčního obrazu, Laueho třídy, primitivní a Bravaisova buňka, prostorové grupy.
Difrakce rtg. záření, Thompson. rozptyl, interference rozptýlených vln, atomový a strukturní faktor, Braggova a Laueho rovnice, Ewald. koule, intenzita difraktovaného záření, Fourierova syntéza.
Difrakční experiment, zdroje rtg. záření, synchrotrony, detektory, difraktometry, kryokrystalografie. Indexace reflexí, integrální intenzita, redukce dat, Lorenzova, polarizační a absorpční korekce.
Fázový problém, Pattersonova funkce a Patterson. techniky. Pravděpodobnostní rozložení strukturních faktorů, přímé metody. R-faktory. Metoda nejm. čtverců. SHELXS a SHELXL.
Makromolekulární krystalizační techniky, metoda sedící a visící kapky, očkování. Metody řešení fázového problému u proteinů, metoda molekulárního přemístění, metody kovových derivátů (SIR, MIR, MIRAS), MAD a selenoproteiny. Mapy elektronové hustoty, Four. transformace, výstavba strukturního modelu. Zpřesňování makromolekulárního strukturního modelu, metoda nejm. čtverců a "constrains+restrains". Protein. krystalografie v "postgenomické" éře.
Krystalografické databáze.
Osnova
  • Symetrie látek
  • Interakce rtg. záření s látkou
  • Difrakce na krystalu
  • Zdroje a detektory rtg. záření
  • Difraktometry
  • Fázový problém
  • Pattersonovské a přímé metody
  • Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
  • Programy SHELXS a SHELXL
  • Příprava proteinových krystalů
  • Proteiny a metody kovových derivátů
  • Upřesňování proteinových strukturních modelů
  • Krystalografické databáze
Literatura
  • MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
  • GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info
Metody hodnocení
ústní zkouška či kolokvium
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2011 - akreditace, jaro 2000, jaro 2001, jaro 2002, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.