C8800 Rtg strukturní analýza

Přírodovědecká fakulta
jaro 2024
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 19. 2. až Ne 26. 5. Po 17:00–18:50 A08/309
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 21 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem výuky je vysvětlit studentům základní principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy, uvést je do kinematické teorie monokrystalové difrakce a seznámit je s přístroj. výbavou používanou při difrakčním experimentu a metodami pro vyhodnocování experimentálních RTG dat. Na rozdíl od analogického kursu CB070 Proteinová krystalografie je základní pozornost kursu C8800 soustředěna na krystalografii tzv. malých molekul.
Výstupy z učení
Na konci tohoto kurzu student bude znát: - principy monokrystalové rtg. strukturní analýzy; - historii rtg. krystalografie; - přístrojovou instrumentaci rtg. krystalografie; - základní postupy rtg. krystalografie; - uživatelská znalost krystalografických programů ShelxS a ShelxL a SW pro práci krystalografickými datatabázemi
Osnova
  • Symetrie látek
  • Interakce rtg. záření s látkou
  • Difrakce na krystalu
  • Zdroje a detektory rtg. záření
  • Difraktometry
  • Fázový problém
  • Pattersonovské a přímé metody
  • Upřesňování modelu, R-faktory, metoda nejmenších čtverců.
  • Programy SHELXS a SHELXL
  • Příprava proteinových krystalů
  • Proteiny a metody kovových derivátů
  • Upřesňování proteinových strukturních modelů
  • Krystalografické databáze
Literatura
  • MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
  • GIACOVAZZO, C. Fundamentals of Crystallography. 1992. ISBN 0-19-855578-4. info
Výukové metody
Teoretická příprava. Domácí práce prováděná na počítači.
Metody hodnocení
Během semestru je vyžadována domácí práce na počítači. Ústní zkouška či kolokvium
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2000, jaro 2001, jaro 2002, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2025.