Bi0999 Molekulární ekologie

Přírodovědecká fakulta
jaro 2008
Rozsah
2/0. 3 kr. Ukončení: k.
Vyučující
prof. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.
Rozvrh
Po 11:00–12:50 BpsR
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Molekulární ekologie je nedávno vzniklý obor, který se snaží řešit ekologické problémy molekulárními metodami. Přestože má takto vymezená disciplína zdánlivě nejasné hranice, tvoří řešená problematika překvapivě kompaktní celek. I přes svůj nedávný vznik prochází tato disciplína bouřlivým vývojem. Množství vědeckých článků věnujících se molekulární ekologii roste geometrickou řadou, existuje specializovaný velmi kvalitní časopis a koncem loňského roku vyšla dokonce první učebnice. Přednáška by měla seznámit studenty se základy této nauky.
Osnova
  • 1. Co je a co není molekulární ekologie? Vymezení oboru, překryv s jinými obory, stručná historie 2. Hlavní používané terénní a laboratorní metody Sběr a uchování vzorků, metody zjišťování genetického polymorfismu u volně žijících živočichů (sekvence, mikrosatelity, alozymy, AFLP a další) 3. Evoluce mikrosatelitů, výhody sekvenačních dat a mikrosatelitů oproti dřívějším metodám Proč je tak moc alel? Mutační rychlost, typy mutací, opravné mechanismy, teoretické mutační modely 4. Identifikace kryptických druhů, hybridů a pohlaví pomocí molekulárních metod Fixovaný polymorfismus, CHD geny u ptáků, chromosom Y u savců 5. Určení otce, matky nebo obou dvou. Minimální počet rodičů vrhu nebo snůšky Klasický fingerprinting, mikrosatelity, spolehlivost analýzy, jednoduché vyloučení, categorical x fractional likelihood, přehled dostupných programů 6. Populační genetika: studium populační struktury, genetické diversity a inbreedingu Důsledky Hardy-Weinbergova pravidla, změny alelických frekvencí (mutace, migrace, selekce, velikost populace, genetický drift), Wahlundův princip, F-statistika, fixační indexy, AMOVA, koalescenční přístup, příklady s využitím dostupných programů 7. Fylogeografie: genetická historie rozšíření druhu Výhody mitochondriální DNA, refugia a kolonizační cesty 8. Hybridní zóny, využití molekulárních znaků ke studiu fitness u volně žijících živočichů Konstrukce kliny, selekce proti hybridům, rozdíly v chování různých částí genomu 9. Geny a jejich biologická funkce - příklady funkčních genů a jejich význam v ekologii Imunogenetika (variabilita a analýza MHC systému), geny a komunikace (MHC - výběr partnera, MUPs, ABP) 10. Ochranářská genetika Odhady Ne, bottleneck, fragmentace populací Literatura: Berne, 2004: An itroduction to molecular ecology. Hartl & Clark, 1997: Principles of population genetics, third edition. Hartl, 1999: A primer on population genetics. Balding, Bishop & Cannings (eds.), 2003: Handbook of statistical genetics, second edition. Arnold, 1997: Natural hybridization and evolution. Avise, 2003: Phylogeography: the history and formation of species. Časopis Molecular Ecology
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: liché roky.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.