PřF:F8380 Molek. model. a bioinf. - Informace o předmětu
F8380 Základy molekulového modelování a bioinformatiky
Přírodovědecká fakultajaro 2011 - akreditace
- Rozsah
- 1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- Mgr. Kamila Réblová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Naděžda Špačková, Ph.D. (přednášející) - Garance
- prof. RNDr. Josef Humlíček, CSc.
Ústav fyziky kondenzovaných látek – Fyzikální sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. Karel Kubíček, PhD. - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Cíle předmětu
- Předmět se zaměřuje na základy molekulového modelování biomolekul pomocí molekulové dynamiky (MD). Přednáška je zaměřena na popis in silico biomodelu, použitých fyzikálně-chemických aproximací a samotného výpočtu. Diskutuje rovněž analýzu výsledků získaných ze simulací a další MD metody (např. LES, TMD, NEB nebo MMPBSA/MMGBSA). Předmětem přednášky bude rovněž seznámení se současnými bioinformatickými metodami (sekvenční alignmenty, databáze, homologní modelování a predikce struktur).
Hlavním cílem předmětu je umožnit studentům
- popsat a vysvětlit výpočty v rámci modelů molekulární dynamiky (MD) a použité fyzikálně-chemické aproximace
- aplikovat tento algoritmus na modelování biomolekul
- popsat současné bioinformatické metody - Osnova
- 1. Definice silového pole, základní parametry
- 2. Popis biomodelu
- 3. Historie výpočetních metod
- 4. Základy molekulové dynamiky
- 5. Analýza MD výsledků
- 6. Další simulační techniky
- 7. Základy bioinformatiky
- Literatura
- Andrew R. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, second edition, Published by Pearson Education EMA, January 2001
- Výukové metody
- Přednáška + diskuze v hodině
- Metody hodnocení
- kolokvium
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
- Statistika zápisu (jaro 2011 - akreditace, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2011-akreditace/F8380