PřF:S1006 Bioinformatics - Informace o předmětu
S1006 Bioinformatics - Sequence and Structure Analysis
Přírodovědecká fakultajaro 2012 - akreditace
Údaje z období jaro 2012 - akreditace se nezveřejňují
- Rozsah
- 2/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
- Vyučující
- dr Hedvig Hegyi, PhD. (přednášející)
- Garance
- prof. RNDr. Vladimír Sklenář, DrSc.
Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta - Předpoklady
- - A proper understanding of English - A sufficient knowledge of a Unix-like operating system
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
- Cíle předmětu
- - Understand and learn the basic concepts in bioinformatics
- Understand DNA and protein sequences, genomes and proteomes
- Be able to carry out database searches using the BLAST programs
- Be able to do sequence analysis on their own, using the Clustalw/Muscle programs
- Find the domain composition of a protein sequence
- Determine the intrinsic disorder of a protein - Osnova
- Sequence databases, DNA and protein sequences, database searches
- - historical overview, the first databases of protein and DNA sequences
- - sequence retrieval using NCBI's Entrez
- - fully sequenced genomes in the three kingdoms of life
- - genomes and genome browsers
- - fast database searches: FastA & the BLAST programs
- Sequence analysis, pairwise and multiple sequence alignments
- - pairwise alignments, global and local
- - basic algorithms: Needleman-Wunch, Smith-Waterman
- - the purpose of sequence alignments: structural, functional, evolutionary information
- - multiple alignment programs, clustalw & muscle
- - evolutionary trees
- - orthologs and paralogs
- Protein structure, structural databases, protein structure prediction
- - The Protein Data Bank
- - Protein structure prediction from sequence, the CASP experiments
- - Secondary Structure analysis
- Protein domains, protein classification systems, protein stability, alternative splicing
- - globular domains
- - structural classification of proteins, SCOP & CATH
- - Alternative splicing and protein structure stability
- Intrinsic protein disorder, prediction and functional aspects
- - Discovery of protein disorder
- - Predicting disorder from sequence
- - Protein disorder in alternative splicing & cancer
- - Organism complexity and protein disorder
- - Functional advantages of disorder
- Literatura
- doporučená literatura
- MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. 2nd ed. Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004, xii, 692. ISBN 0879697121. info
- Vyučovací jazyk
- Angličtina
- Další komentáře
- Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
- Statistika zápisu (jaro 2012 - akreditace, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2012-akreditace/S1006