S1006 Bioinformatics - Sequence and Structure Analysis

Přírodovědecká fakulta
jaro 2012 - akreditace

Údaje z období jaro 2012 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah
2/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
dr Hedvig Hegyi, PhD. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Vladimír Sklenář, DrSc.
Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
- A proper understanding of English - A sufficient knowledge of a Unix-like operating system
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
- Understand and learn the basic concepts in bioinformatics
- Understand DNA and protein sequences, genomes and proteomes
- Be able to carry out database searches using the BLAST programs
- Be able to do sequence analysis on their own, using the Clustalw/Muscle programs
- Find the domain composition of a protein sequence
- Determine the intrinsic disorder of a protein
Osnova
  • Sequence databases, DNA and protein sequences, database searches
  • - historical overview, the first databases of protein and DNA sequences
  • - sequence retrieval using NCBI's Entrez
  • - fully sequenced genomes in the three kingdoms of life
  • - genomes and genome browsers
  • - fast database searches: FastA & the BLAST programs
  • Sequence analysis, pairwise and multiple sequence alignments
  • - pairwise alignments, global and local
  • - basic algorithms: Needleman-Wunch, Smith-Waterman
  • - the purpose of sequence alignments: structural, functional, evolutionary information
  • - multiple alignment programs, clustalw & muscle
  • - evolutionary trees
  • - orthologs and paralogs
  • Protein structure, structural databases, protein structure prediction
  • - The Protein Data Bank
  • - Protein structure prediction from sequence, the CASP experiments
  • - Secondary Structure analysis
  • Protein domains, protein classification systems, protein stability, alternative splicing
  • - globular domains
  • - structural classification of proteins, SCOP & CATH
  • - Alternative splicing and protein structure stability
  • Intrinsic protein disorder, prediction and functional aspects
  • - Discovery of protein disorder
  • - Predicting disorder from sequence
  • - Protein disorder in alternative splicing & cancer
  • - Organism complexity and protein disorder
  • - Functional advantages of disorder
Literatura
    doporučená literatura
  • MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. 2nd ed. Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004, xii, 692. ISBN 0879697121. info
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2015, jaro 2016.