PřF:C3211 Aplikovaná bioinformatika - Informace o předmětu
C3211 Aplikovaná bioinformatika
Přírodovědecká fakultajaro 2013
- Rozsah
- 0/4. 3 kr. Ukončení: k.
- Vyučující
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Josef Houser, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. (cvičící) - Garance
- prof. RNDr. Zdeněk Glatz, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Út 12:00–15:50 C04/118
- Předpoklady
- Základní znalosti o biomakromolekulách.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 15 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/15, pouze zareg.: 0/15, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/15 - Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen využívat bioinformatické nástroje pro řešení biologických problémů a usnadnění experimentální práce v laboratoři.
- Osnova
- Základní vlastnosti proteinů: teoretický úvod (proteinogenní aminokyseliny, nestandardní proteinogenní aminokyseliny, izoelektrický bod proteinů, extinční koeficienty proteinů, stabilita proteinů, uchovávání a skladování proteinů, lokalizace proteinů v buňce), predikce základních fyzikálně-chemických vlastností proteinů, iniciační methionin a jeho odštěpování, predikce lokalizace proteinu, signální sekvence, zisk informací o známých proteinech, vyhledávání v databázích, sekvenční přiložení.
- Příprava rekombinantních proteinů: teoretický úvod (vektory, hostitelské organismy, ligace, transformace, exprese, problémy při expresi, význam disulfidických můstků, posttranslačních modifikací, vzácných kodonů, produkce toxických proteinů), predikce posttranslačních modifikací, predikce disulfidových můstků, predikce glykosylace, obsah vzácných kodonů v genu, návrh syntetického genu.
- Sekundární struktura a funkce proteinů: teoretický úvod (využití sekundární struktury proteinů pro ověření správného sbalování proteinů, CD spektroskopie, predikce funkce proteinů, databáze strukturních a funkčních motivů), predikce sekundární struktury proteinů, predikce CD spektra proteinů, predikce funkce proteinů pomocí sekvenčního přiložení, identifikace a porovnání aktivního místa proteinů, význam aminokyselinových záměn v aktivním místě, identifikace strukturních a funkčních motivů v sekvencích.
- Terciární struktura a oligomerizace proteinů: teoretický úvod (3D struktura proteinů, strukturní databáze, určování struktury proteinů, rozdíly mezi krystalografii a NMR, teorie predikce 3D struktury, význam oligomerizace proteinů, metody určování oligomerizace proteinů), vizualizace 3D struktury proteinu, typy zobrazení, porovnání homologních proteinů, analýza aktivního místa proteinu, ukázka predikčních programů, validace struktury, predikce oligomerního stavu proteinů, analýza repetic.
- Literatura
- doporučená literatura
- ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 2. dotisk 1. vydání. Brno: Masarykova univerzita, 2010, 194 s. ISBN 978-80-210-3841-7. info
- Výukové metody
- Teoretická připrava, praktické cvičeni in silico, exkurze do laboratoří a ukázky práce s přístroji.
- Metody hodnocení
- Závěrečný test, ústní pohovor.
- Další komentáře
- Studijní materiály
- Statistika zápisu (jaro 2013, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2013/C3211