Bi6400 Metody molekulární biologie

Přírodovědecká fakulta
jaro 2014
Rozsah
3/0/0. 3 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
prof. RNDr. Jan Šmarda, CSc. (přednášející)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jan Šmarda, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jan Šmarda, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 10:00–12:50 B11/306
Předpoklady
SOUHLAS || Ex_3065 Molekulární biologie || Imp_9115 Molekulární biologie || B3120 Molekulární biologie || B4030 Molekulární biologie || B5740 Molekulární biologie || B6130 Molekulární biologie || B7940 Molekulární biologie || B4020 Molekulární biologie || Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Základní znalost o struktuře a funkci nukleových kyselin a bílkovin.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Jiné omezení: V případě, že student nesplňuje vyžadované prerekvizity pro zápis, je zápis možný s tím, že ukončení tohoto předmětu je podmíněno úspěšným absolvováním předmětu Molekulární biologie (jeden z kódů v prerekvizitách).
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Kurz je zaměřen na výklad základních metod běžně používaných pro studium bílkovin a nukleových kyselin a jejich interakcí a to jak v živých systémech tak in vitro. Je určen všem studentům biologie, kteří budou v pracovat v laboratořích základního nebo aplikovaného výzkumu. Důraz je kladen na pochopení principů molekulárně biologických metod a způsobů jejich praktického využití. Po absolvování kurzu by měli studenti znát principy metod a získat tak schopnost provádět kvalifikovaná rozhodnutí o tom, jaké metodické přístupy zvolit pro studium nejrůznějších buněčných procesů a molekul.
Osnova
  • 1. Manipulace s nukleovými kyselinami, centrifugace, enzymové úpravy in vitro.
  • 2. Elektroforetická a elektronmikroskopická analýza nukleových kyselin.
  • 3. Hybridizace nukleových kyselin: příprava nukleotidových sond, značení nukleových kyselin.
  • 4. Restrikční analýza nukleových kyselin, konstrukce restrikční mapy, mapování genomů.
  • 5. Sekvenční analýza nukleových kyselin, genomové sekvencování.
  • 6. Charakteristika základních typů vektorů a jejich aplikace.
  • 7. Klonovací strategie: přenos DNA do bakteriálních a eukaryotických buněk, stanovení přítomnosti produktů klonovaných genů v buňkách: elektroforéza proteinů a western blotting, testy aktivity luciferázy a ß-galaktozidázy.
  • 8. Zakládání genových knihoven.
  • 9. Průtoková cytometrie.
  • 10. Transkripce a translace in vitro.
  • 11. Polymerázová řetězcová reakce. Základní metody molekulární diagnostiky.
  • 12. Analýza proteinů: elektroforéza v jednom a dvou rozměrech, imunoprecipitace, fokuzace.
  • 13. Příprava a využití monoklonálních a polyklonálních protilátek.
  • 14. Analýza interakcí mezi proteiny a nukleovými kyselinami: retardační analýza, footprinting.
Literatura
Výukové metody
Výuka probíhá týdně formou přednášek (teoretická příprava).
Metody hodnocení
Zkouška se provádí formou písemného testu, který obsahuje 50 otázek. Na bodovém zisku je založena klasifikace. Podmínkou složení zkoušky je alespoň 50% správných odpovědí.
Navazující předměty
Informace učitele
Požadavky na úspěšné ukončení přemětu: 1. Porozumění základním metodám analýzy nukleových kyselin, proteinů a jejich interakcí v buněčných systémech a in vitro. Důraz je kladen především na princip metod a způsob jejich využití v praxi.
Další komentáře
Studijní materiály
Poznámka k ukončení předmětu: Pro obor Biofyzika je možné zakončení kolokviem
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.