PřF:C2150 Zpracování informací a vizuali - Informace o předmětu
C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii
Přírodovědecká fakultajaro 2014
- Rozsah
- 0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martin Prokop, Ph.D. (přednášející) - Garance
- Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Út 17:00–18:50 C04/118
- Předpoklady
- Znalost práce v operačním systému UNIX na úrovni běžného uživatele.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
- Mateřské obory/plány
- Chemoinformatika a bioinformatika (program PřF, B-BCH)
- Cíle předmětu
- Kurs je určen všem, kteří chtějí získat základní přehled o vizualizacích v molekulovém modelování. Student je postupně seznamován s postupy získání dat z databáze, jejich validací, přípravou pro počítačové simulace až po vizualizace výsledků a tvorbu grafických výstupů ve formě prezentací nebo posterů. Cílem kursu není seznámení s jednotlivými metodami počítačové chemie.
- Osnova
- 1.Zobrazení molekul, převod 2D zobrazení do 3D a naopak. 2.Přehled programů pro vizualizaci molekul. 3.Strukturní databáze bilomolekul a jejich prohledávání. 4.Validace struktur získaných z databází a příprava dat pro molekulové modelování – program WHAT IF a jeho WWW server. 5.Vizualizace molekul pomocí programu VMD. 6.Vizualizace trajektorií molekulové dynamiky – program VMD. 7.Zpracování dat z MD a jejich vizualizace – programy gnuplot, xmgrace. 8.Program TRITON – možnosti vizualizace. 9.Program TRITON – aplikace v molekulovém modelování. 10. Příprava grafických prezentací – Open Office, PovRay, Render3D a tvorba stereoobrázků. 11. Tvorba animací a možnosti rozšíření programu VMD. 12. Vizualizace molekul v ostatních programech – Chimera, PyMol.
- Literatura
- Molecular modeling of proteins. Edited by Andreas Kukol. Totowa: Humana Press, 2008, xi, 390. ISBN 9781588298645. info
- HÖLTJE, Hans-Dieter a Gerd FOLKERS. Molecular modelling :basic principles and applications. Edited by Thomas Beier - Wofgang Sippl - Didier Rognan. Weinheim: VCH Verlagsgesellschaft, 1997, xii, 194 s. ISBN 3-527-29384-1. info
- Molecular modeling of nucleic acids. Edited by Neocles B. Leontis - John SantaLucia. Washington: American Chemical Society, 1998, x, 435 s. ISBN 0-8412-3541-4. info
- http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
- Výukové metody
- Praktická cvičení u počítače.
- Metody hodnocení
- Praktická znalost programů VMD a Triton. Prezentace obsahující kromě textu také grafy, video ukázky a obrázky.
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
- Statistika zápisu (jaro 2014, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2014/C2150