Bi3307 Aktuální trendy v analýze tvaru a obrazu v antropologii

Přírodovědecká fakulta
jaro 2015
Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Miroslav Králík, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Petra Urbanová, Ph.D. (cvičící)
Garance
doc. RNDr. Miroslav Králík, Ph.D.
Ústav antropologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Miroslav Králík, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav antropologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Hlavním cílem kurzu je prakticky procvičit práci s 2D a 3D digitizéry (tpsDig, MicroScribe), programy pro analýzu obrazu (SigmaScan) a programy pro analýzu tvaru (TPS, Morphologica, Past, Shape, EFAWin). Na konci kurzu bude student schopen: provádět digitalizaci kostí a částí těla živého člověka; analyzovat tvar metodami geometrické morfometrie; aplikovat histomorfometrické metody; porozumět a vysvětlit princip a základy pokročilých zobrazovacích metod.
Osnova
  • 1) Úvod do problematiky pokročilých metod v biologických vědách, typy vstupních dat,úprava vstupních dat (Excel, Statistika, SPSS, NTSYS, Past), popisná statistika, parametry, grafy, testování hypotéz
  • 2) Jednorozměrné statistické testy, přehled, použití, práce se statistickými programy
  • 3) Vícerozměrné statistické testy, přehled, použití, práce se statistickými programy
  • 4) Analýza obrazu a grafické programy
  • 5) Úvod do analýzy tvaru pomocí geometrické morfometrie, typy vstupních dat, záznam 2D dat, přístroje, aplikace, chyba metody
  • 6) Metody analýzy význačných bodů - 2D prostorová data
  • 7) záznam 3D dat, přístroje, aplikace, virtuální modely a jejich využití
  • 8) Metody analýzy význačných bodů - 3D prostorová data
  • 9) Metody analýzy pomocných bodů
  • 10) Metody analýzy obrysů - klasická a eliptická Fourierova analýza
  • 11) Metody analýzy obrysů - ostatní metody (Eigenshape analysis, vlnková analýza aj.)
  • 12) Zápočet
Literatura
  • Software: TPS, Rhinoceros, Morphologica, EFAWin, Shape, SigmaScan, Statistica, Photoshop, Photopaint, Past.
  • Bookstein, F. L. (1991): Morphometric tools for landmark data: geometry and biology. Cambridge Univ. Press: New York.
  • Zelditch, M. L., D. L. Swiderski, H. D. Sheets, and W. L. Fink. (2004): Geometric Morphometrics for biologists: a primer. Elsevier Academic Press: London.
  • Kilian J., Šídlo R., Merglová V. (1981): K problematice určování stáří jedince podle chrupu. Soudní lékařství 26: 33-42, 49-54, 55-59.
  • URBANOVÁ, Petra a Vladimír NOVOTNÝ. Distinguishing between Human and Non-human bones: Histometric metod for forensic antropology. Anthropologie. 2005, XLIII, č. 1, s. 77-85, 8 s. ISSN 0323-1119. info
  • VYSTRČILOVÁ, Michaela a Vladimír NOVOTNÝ. Estimation of age at death using teeth. Variability and Evolution. Poznań: Adam Mickiewicz University, Faculty of Biology, Institute of Anthropology, 2000, č. 8, s. 39-49. ISSN 0860-7907. info
  • Kuhl, F.P. - Giardina, C.R. (1982): Elliptic Fourier Features of a Closed Contour. Computer Graphics and Image Processing 18: 236 - 258.
  • Iwata, H. - Ukai, Y. (2002): SHAPE: A Computer Program Package for Quantitative Evaluation of Biological Shapes Based on Elliptic Fourier Descriptors. The Journal of Heredity 93: 384 - 385.
  • Lestrel, P. E. - Cesar - Jr., R. M. - Takahashi, O. - Kanazawa, E. (2004): A Fourier-wavelet representation of 2-D-shapes: sexual dimorphism in the Japanese cranial base. Anthropological Science 112/1: 3 - 28.
Výukové metody
Blokové cvičení pro omezený počet vážných zájemců z řad DSP studentů antropologie, ve výjimečných případech i z jiných oborů (po předchozí domluvě). Počet účastníků je omezen technickým vybavením. Studenti pracují samostatně i ve skupinách na zadaném praktickém úkolu, zpracovávají laboratorní protokol; pod vedením lektora.
Metody hodnocení
Kurz je ukončen zápočtem po diskusi nad laboratorním protokolem. K získání zápočtu musí student prokázat dostatečnou znalost a schopnost práce s procvičenými metodami, software and vybavením.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, podzim 2018, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.