PřF:F8510 Physics of biopolymers

F8510 Physics of biopolymers

Faculty of Science
Spring 2015

Extent and Intensity

2/0/0. 2 credit(s) (plus extra credits for completion). Type of Completion: zk (examination).

Teacher(s)

Guaranteed by

Timetable

Fri 16:00–17:50 F1 6/1014

Course Enrolment Limitations

The course is also offered to the students of the fields other than those the course is directly associated with.

fields of study / plans the course is directly associated with

Syllabus (in Czech)

1. elektrostatické interakce ve vakuu: Coulombův zákon, princip superpozice, interakce nábojů, dipólů, rotujících dipólů a indukovaných dipólů, van der Waalsova interakce
2. elektrostaticke interakce ve vodných prostředích: Poisson-Boltzmannova rovnice a její řešení, Debye-Huckelova teorie, Debyova stínící délka, Gouy-Chapmanova teorie, fluktuujicí náboje
3. interakce velkých nenabitých částic: Hamakerova konstanta, Derjaguinova aproximace, řešeni pro různé geometrie
4. entropické interakce: směrové entropické síly, ideální řetězec a jeho deformace, fluktuace membrány
5. dokončení interakcí: interakce úbytkem, hydrofobní interakce, DLVO, vodíková vazba, solný můstek, pi-interakce
6. polymery v roztoku: Flory-Hugginsova teorie, směs polymerů
7. folding: native contacts, funnel, helix-coil transition, swelling, crowding
8. modely biopolymerů: ab initio, atomový popis a molekulová mechanika, zhrubené simulace
9. radiální distribuční funkce, uspořádání látky, strukturní faktor, vazebná konstanta
10. solvatace molekul a iontů: vlastnosti a struktura vody, kavitačni energie, Bornova solvatačni energie

Language of instruction

Czech

Further Comments

Study Materials
The course is taught annually.