PřF:C2138 Pokročilá bioinformatika - Informace o předmětu
C2138 Pokročilá bioinformatika
Přírodovědecká fakultajaro 2016
- Rozsah
- 2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
- Vyučující
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
- Garance
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Po 13:00–14:50 C04/118
- Předpoklady
- C2130 Úvod do chemoinformatiky a bioinformatiky
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
- Cíle předmětu
- Na konci kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit základní termíny v oblasti bioinformatiky;
porovnávat rozsáhlé databáze sekvencí a extrahovat potřebná data;
predikovat sekundární a terciární struktury proteinů a nukleových kyselin;
předpovídat postranslační modifikace - Osnova
- 1-2) Základní bioinformatické pojmy, metody a nástroje. Uvedení do problematiky a opakování. 3) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce promotorů, nekódující úseky nukleových kyselin, transkripční faktory. 4) Anotace genomů. Automatická anotace, její správnost, zdroje chyb. 5) Fylogenetická analýza, fylogenetické stromy, principy. 6) Posttranslační modifikace a jejich význam. Predikční algoritmy. 7) Bioinformatický potenciál sacharidů, glykom. 8) Protein data bank (PDB) – práce s databází, validace, struktur, zdroje chybných strukturních dat. 9) Predikční nástroje pro nukleové kyseliny. 2D, 3D struktura, repetice, význam. 10) Design primeru a mutageneze. Rozdílné přístupy ve vyhledávání primerů pro odlišné účely, možnosti mutageneze in vitro a in silico. 11) Alignment metabolickych drah, metabolom. 12) Virtuální screening v bioinformatice, specifika databází, vazebná místa proteinů.
- Literatura
- HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. Milton Park, Abingdon: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. info
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. 2nd ed. Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004, xii, 692. ISBN 0879697121. info
- Výukové metody
- přednášky s praktickými demonstracemi
- Metody hodnocení
- písemný test
- Navazující předměty
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- Statistika zápisu (jaro 2016, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2016/C2138