C2135 Bioinformatika v praxi

Přírodovědecká fakulta
jaro 2018
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Josef Houser, Ph.D. (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Čt 10:00–11:50 C04/118
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci tohot kurzu bude student schopen:
vyhledavat informace a pracovat s biologickymi databazemi; provadet samostatne bioinformatickou analyzu dat. Pripravit experimentalni projekt zamerny na klonovani proteinu.
Výstupy z učení
Na konci kurzu student získá: 1) Základní bioinformatické znalosti a dovednosti. Student bude schopen: 1) Zpracovávat bioinformatická data. 2) Predikovat základní vlastnosti biomakromolekul. 3) Využívat bioinformatické nástroje na řešení biologických problémů.
Osnova
  • Vyhledávání informací. Vyhledávání informací obecně, databáze biologických dat, instituce pro správu bioinformatických dat
  • Sekvenční přiložení (sequence alignment). Parametry (gaps, matrix). Přiložení genové vs. proteinové sekvence. Repetice. Přiložení jako nástroj analýzy sekvenačních dat.
  • Predikce genů, proteinů a jejich funkce.
  • Design primerů. Význam primerů, základní charakteristiky, tvorba sekundárních struktur, problém chybného nasednutí (false priming), design vlastních primerů.
  • Klonování a restrikční štěpení.
  • Predikce vlastností proteinů. Co lze predikovat, srovnání náročnosti a spolehlivosti experimentu a výpočtu.
  • Samostatný projekt: identifikace potenciálních genů důležitých pro virulenci v genomu neznámého organismu a určení funkce kódovaných proteinů.
  • Praktická úloha 1. Polymerázová řetězová reakce a elektroforéza v agarosovém gelu.
  • Praktická úloha 2. Izolace produktu PCR, štěpení restrikčními endonukleasami.
Literatura
Výukové metody
teoreticka priprava, prakticke cviceni in silico, samostatny projet
Metody hodnocení
ukonceny samostatny projekt, ustni pohovor
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2011 - akreditace, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.