PřF:C7876 Gen.tech.cv - Informace o předmětu
C7876 Genové technologie - cvičení
Přírodovědecká fakultajaro 2021
- Rozsah
- 0/0/5. 5 kr. Ukončení: z.
- Vyučující
- doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D. (cvičící)
Mgr. David Novák (cvičící) - Garance
- doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D.
Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta - Předpoklady
- C7875 Gen.tech
Absolvování přednášky C7875 Genové technologie - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Biotechnologie (program PřF, N-BTC)
- Cíle předmětu
- Cílem laboratorního kurzu je prakticky si vyzkoušet a naučit se samostatně provádět metody rekombinantních DNA technologií, genetické manipulace s bakteriemi a kvasinkami, exprese rekombinantních proteinů v bakterii E. coli a kvasince P. pastoris, sekvenace bakteriálního genomu a transkriptomu a metagenomickou analýzu.
- Výstupy z učení
- Student bude po absolvování předmětu mít následující praktické dovednosti: 1. Navrhovat a prakticky techniky určené k manipulaci DNA (klonování, transformace) 2. Navrhovat a provádět expresi rekombinantních proteinů v expresním systému bakterie E. coli a kvasinky P. pastoris. 3. Provést a vyhodnotit metagenomicou analýzu z environmentálního vzorku. 4. Provést a udělat základní vyhodnocení sekvenace bakteriálního genomu a transkriptomu. 5. Provádět kritické hodnocení získaných dat v rámci základních metod současných genových technologií
- Osnova
- Úloha 1 – Exprese proteinu Aspartát-tRNA ligázy v bakterii E. coli BL21(DE3) a jeho následná purifikace pomocí afinitní chromatografie (IMAC) Úloha 2 - Exprese proteinu elicitinu v kvasince P. pastoris GS115 a jeho následná purifikace pomocí iontově-výměnné chromatografie Úloha 3 – Metagenomická analýza environmentálního vzorku na NGS přístroji MiniSeq Úloha 4 – Analýza změn bakteriálního transkriptomu na NGS přístroji MiniSeq Úloha 5 – Sekvenace bakteriálního genomu na NGS přístroji MiniSeq Úloha 6 – Vyhodnocení získaných sekvenačních dat.
- Literatura
- Návody ke cvičením - viz Studijní materiály
- Výukové metody
- Laboratorní cvičení
- Metody hodnocení
- Po absolvování všech úloh je psán test skládající se z 20 otázek pokrývajících jednotlivé prováděné úlohy. K úspěšnému zvládnutí předmětu je třeba absolvovat všechna cvičení a získat alespoň 70% bodů z testu.
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- Statistika zápisu (jaro 2021, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2021/C7876