C9088 RNAseq analýza

Přírodovědecká fakulta
jaro 2021
Rozsah
1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Charlotte Sonenson, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Eva Budinská, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20
Cíle předmětu
Kurs je zaměřen na získání praktických znalostí v oblasti RNAseq analýzy.
Základní ideou předmětu je zaměřit se na jednotlivé kroky procesu RNAseq, u každého kroku popsat jeho realizaci, ukázat vhodné softwarové nástroje a využít je na konkrétních příkladech.

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
Pracovat s metodami a softwarovými nástroji, určenými k RNAseq analýze.
Realizovat kompletní proces RNAseq analýzy těchto dat.
Porozumět výstupům jednotlivých kroků analýzy a umět je interpretovat a diskutovat.
Výstupy z učení
Po skončení kurzu bude student schopen popsat metodiky pro realizaci jednotlivých kroků RNAseq analýzy. Student bude rovněž schopen pracovat se softwarovými nástroji implementujícím jednotlivé metodiky. Student také zvládne popsat a realizovat celé workflow pro RNAseq analýzu.
Osnova
  • V průběhu tohoto kursu buou vysvětleny jednotlivé kroky RNAseq analýzy, konkrétně: kontrola kvality, alignment readů na referenční strukturu, kvantifikace exprese, diferenciální expresní analýza a downstream analýza. Budou diskutována obtížná místa, výhody a limitace jednotlivých metodiky. Jednotlivé kroky analýzy budou také prakticky prováděny studenty.
Literatura
  • HANÁKOVÁ, Barbora, Jan OPPELT a Eva BUDINSKÁ. Identification of subtype specific microbiome from tumour tissue RNAseq data in colorectal cancer. In 15th European Conference on Computational Biology. 2016. URL info
Výukové metody
přednášky s praktickými demonstracemi
Metody hodnocení
Písemný test
Další komentáře
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2014, podzim 2014, jaro 2020, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.