FB850 Biomolekulární interakce

Přírodovědecká fakulta
jaro 2021
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D.
Ústav fyziky kondenzovaných látek – Fyzikální sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav fyziky kondenzovaných látek – Fyzikální sekce – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Základní znalosti o složení a primární sekvenci proteinů a nukleových kyselin.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Předmět si klade za cíl seznámit studenty se základními typy interakcí, kterými spolu interagují proteiny s nukleovými kyselinami, zejména RNA.
Osnova
  • 1. Struktura biomolekul – sekundární, terciární, kvartérní: Ribonukleová kyselina, Deoxyribonukleová kyselina, Proteiny
  • 2. Rozpoznání RNA proteiny: Strukturní motivy, Sekvenční motivy
  • 3. Metody pro studium interakcí mezi proteiny a nukleovými kyselinami a jejich komplexů: Biochemické metody pro určení interakčních afinit, Strukturní metody pro studium interakcí na atomární úrovni, Přednosti a nevýhody jednotlivých metod
  • 4. Vizualizační programy
  • 5. Statické zobrazení struktur
  • 6. Zobrazení dynamických dat – „morphing“
Literatura
  • Raymond F. Gesteland, Thomas R. Cech: The RNA World 3rd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2005
  • Victor A. Bloomfield, Donald M. Crothers, Ignacio Tinoc, Jr.: Nucleic Acids: Structures, properties, functions, University Science Books, 1st Ed., 2000
  • Wolfram Saenger: Principles of Nucleic Acid Structure, Springer, 1988
  • Donald Voeth and Judith G. Voeth: Biochemistry 4th Ed., Willey, 2010
Výukové metody
Samostatné studium literatury, prezentace a diskuze
Metody hodnocení
Prezentace a diskuze studovaného problému
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2020, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024.