C8980 Příprava a charakterizace proteinů I - Exprese a purifikace

Přírodovědecká fakulta
jaro 2022
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. (přednášející)
Ing. Blanka Pekárová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Adam Norek, Ph.D. (přednášející)
prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: RNDr. Lubomír Janda, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Čt 8:00–9:50 C04/211
Předpoklady
Předpokladem pro porozumění předmětu je znalost základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Student po absolvování předmětu zná základní teoretické i metodologické poznatky jak exprimovat a purifikovat rekombinantní proteiny. Je schopen se rozhodnout, jaký expresní systém použít pro expresi proteinu a jaký postup zvolit při výběru purifikační metody. Je schopen aplikovat poznatky pro zvýšení účinnosti exprese a rozpustnosti proteinů. Umí zvolit vhodnou metodu k detekci proteinů a je schopen značit proteiny pro NMR analýzu nebo krystalografii.
Výstupy z učení
Absolvent přednášek je schopen: - analyzovat vlastnosti proteinů - navrhnout klonovací strategii - zvolit expresní systém - vybrat metodu desintegrace buněk - navrhnout purifikační postup - analyzovat kvalitu proteinů - značit proteiny pro strukturní analýzu - exprimovat proteiny v bioreaktoru
Osnova
  • 1. Molekulární principy pro pochopení vlastnosti proteinů. 2. Výpočty v molekulární biologii 3. Důležité vlastnosti bílkovin a jak je zkoumat. 4. Klonování DNA. 5. Exprese proteinů. 6. Desintegrace buněk. 7. Fúzní proteiny a afinitní purifikace. 8. Chromatografie pro purifikaci proteinů. 9. Kvalita bílkovin. 10. Analytické metody používané ke studiu proteinů. 11. Značení proteinů. 12. Zvaná přednáška. 1. Molekulární principy pro porozumění proteinů. RNDr. Jozef Hritz; 2.Výpočty v molekulárně biologických vědách. RNDr.Jozef Hritz; 3.Důležité vlastnosti proteinů a jak je studovat. RNDr. Lubomír Janda; 4.DNA klonování. RNDr. Lubomír Janda; 5.Exprese proteinů. RNDr. Lubomír Janda; 6.Rozbíjení – desintegrace buněk. RNDr. Lubomír Janda; 7.Fúzní proteiny a afinitní purifikace Mgr. RadkaDopitová; 8.Chromatografie pro purifikaci proteinů RNDr. Lubomír Janda; 9.Kvalita proteinů. Mgr. Radka Dopitová 10.Analytické metody na detekci proteinů ing. Blanka Pekárová 11.Značení proteinů ing. Blanka Pekárová 12.Fermentační technologie Mgr. Adam Norek
Literatura
    doporučená literatura
  • PRICE, Nicholas C. a Jacqueline NAIRN. Exploring proteins : a student's guide to experimental skills and methods. Oxford: Oxford University Press, 2009, xv, 512. ISBN 9780199205707. info
  • Protein purification : principles, high resolution methods, and applications. Edited by Jan-Christer Janson. 3rd ed. Hoboken, N.J.: John Wiley & Sons, 2011, xiv, 517. ISBN 9780471746614. info
  • HARDIN, Charles. Cloning, gene expression and protein purification : experimental procedures and process rationale. New York: Oxford University Press, 2001, viii, 435. ISBN 0195132947. info
    neurčeno
  • Guide to protein purification. Edited by Richard R. Burgess - Murray P. Deutscher. 2nd ed. Boston: Elsevier/Academic Press, 2009, liii, 851. ISBN 9780123749789. info
Výukové metody
Hlavní výukovou metodou jsou přednášky, obsahující konkrétní příklady vlastní vědecké praxe jednotlivých přednášejících a demonstrace řešení konkrétních problémů.
Metody hodnocení
V průběhu semestru budou studenti po každé přednášce zkoušeni písemným testem. V každé lekci jsou studenti motivováni získat až 20 pomocných bodů, což odpovídá jednomu testovému bodu. Za celý semestr je možné získat až 10 bodů do závěrečného testu (200 pomocných bodů). Závěrečný test obsahuje třicet testových otázek se čtyřmi variantami odpovědí. Prvních deset je lehkých (pouze jedna správná odpověď za jeden bod), druhých deset otázek je středních (maximálně dvě správné odpovědi za dva body) a posledních deset otázek za tři body (maximálně tři správné odpovědi). Celkově lze získat z testu 60 bodů. Student je hodnocen známkou A v případě, že získá z testu a v průběhu semestru v součtu 56 a více bodů. Známkou F nevyhověl, je hodnocen student, který získá v součtu testu a pomocných bodů méně než 35 bodů. Pokud student není spokojen s výsledkem a test pro něho není objektivním kritériem jeho znalostí, může se student nechat ústně vyzkoušet s maximálním zlepšením výsledné známky o dva stupně při prokázání mimořádných znalostí problematiky.
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2012, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.