E2050 Laboratorní cvičení z molekulární biologie a mikrobiologie

Přírodovědecká fakulta
jaro 2022
Rozsah
0/0/3. 3 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA (přednášející)
Mgr. Petra Brenerová, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem předmětu je naučit studenty základům práce v molekulárně biologické laboratoři, především v rámci výzkumných činností spojených s analýzou humánních a environmentálních vzorků tak, aby po ukončení kurzu měli představu o limitacích analýz, povaze výsledků a vzniku dat pro hodnocení a studium environmentálního zdraví člověka a jeho mikrobioty.
Výstupy z učení
Student bude po absolvování předmětu schopen izolovat lidskou DNA z krve/slin/FFPE bloků a mikrobiální DNA z humánních/environmentálních vzorků, zjistit její koncentraci a čistotu, amplifikovat lidskou a mikrobiální DNA pomocí PCR a analyzovat ji i s využitím restrikčního štěpení enzymy a vizualizací při elektroforéze na agarózovém gelu. Student bude také prakticky seznámen se sekvenačními technikami, in situ hybridizačními a s imunohistochemickými metodami.
Osnova
  • Předmět obsahuje několik praktických úloh, kdy jsou zpracovávány a analyzovány humánní/environmentální vzorky. 1. Úvod do práce v molekulárně biologické laboratoři, bezpečnost práce. 2. Odběr humánních/environmentálních vzorků a jejich zpracování. 3. – 5. Stanovení DNA mutací/polymorfizmů a určení prediktivního fenotypu u člověka – izolace humánní DNA, qPCR vs. PCR a restrikční štěpení, interpretace výsledků, ověření fenotypu. 6. –8. Analýza genů rezistence v humánním/environmentálním vzorku/z čisté bakteriální kultury. 9. – 10. Analýza mikrobiomu v humánním/environmentálním vzorku/z čisté bakteriální kultury – izolace mikrobiální DNA, PCR, gelová elektroforéza, příprava sekvenační knihovny, seznámení se se sekvenováním (WMGS) a multiplex PCR. 11. In situ hybridizační a imunohistochemické stanovení – analýza humánních biomarkerů, analýza bakterií a virů v humánních vzorcích. 12. Diskuze nad limitacemi analýz, hodnocení dat a jejich interpretace. Rozprava nad úlohami a protokoly. Zápočet.
Literatura
  • Šmarda, J. a kol. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: MU, 2005. info
Výukové metody
Výuka probíhá formou praktického cvičení. Studenti provádějí laboratorní experimenty dle osnovy předmětu. Podklady a návody jsou pro studenty dostupné v IS.
Metody hodnocení
Pro získání zápočtu je nutné absolvování všech laboratorních úloh a odevzdání protokolů vypracovaných dle zadání.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2024, jaro 2025.