NCBR001 Systems Biology and Modeling Methods

Přírodovědecká fakulta
jaro 2022
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
Tomáš Helikar, PhD. (přednášející)
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
No prior math or computer science classes are required.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
The course aims at immersing life sciences students in the field of computational modeling of biochemical and biological network systems and their complex dynamics. Students will learn about network processes in living organisms and computational methods hand-in-hand on several biological and biochemical systems (e.g., regulation of bacterial chemotaxis, signal transduction, etc.). Students will learn and utilize a popular logical modeling framework and related software tools on the computational modeling side. The course will primarily consist of hands-on activities that will involve the construction, manipulation, simulation, and analysis of computational models of biological systems. By the end of the course, students will be expected to have created, analyzed, and presented a computational model of a biological system of their interest.
Osnova
  • 1. Computational systems modeling: Overview. 2. Towards multi-scale models of the immune system: Exploring the capacity of T cell differentiation. 3. Introduction to logical modeling and Cell Collective. 4. Modeling and simulating the dynamics of network motifs (positive/negative feedback loops), Part 1. 5. Modeling and simulating the dynamics of network motifs (positive/negative feedback loops), Part 2. 6. Nuts and bolts of logical modeling, Part 1. 7. Nuts and bolts of logical modeling, Part 2. 8. Modeling and simulating the dynamics of bacterial chemotaxis. 9. Modeling and simulating the dynamics of gene regulation (lac operon). 10. Modeling Challenge: Build, validate, and simulate a model of regulation of T cell differentiation (3 blocks). 11. Announcement of winners of the modeling challenge.
Metody hodnocení
Attendance at the whole course and active participation.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Předmět je vyučován jednorázově.
Výuka probíhá blokově.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2022/NCBR001