S5018 Methods of Protein Characterization

Přírodovědecká fakulta
jaro 2022
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc. (přednášející)
Mgr. Josef Houser, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Pavel Kadeřávek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Karel Kubíček, PhD. (přednášející)
Mgr. Jiří Nováček, Ph.D. (přednášející)
Garance
Mgr. Jiří Nováček, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. et Mgr. Eva Barnová
Dodavatelské pracoviště: Středoevropský technologický institut
Předpoklady
Basic knowledge of biochemistry and molecular biology.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
The aim of this course is to introduce to students present possibilities of methods of Protein Characterization.
Osnova
  • I. Protein characterization by biochemical methods
  • 1.Biomolecular sample, quality analysis, sample requirements
  • 2.Methods for analysis of biomolecules, complementarity of techniques
  • 3.Biomolecular interactions – methods, comparison, applications
  • 4.Optimization of experiment, global analysis approach
  • 5.High-throughput approach in biomolecular interactions
  • II. Protein characterization by NMR
  • 1. Principles of NMR Spectroscopy
  • 2. What Can NMR Tell about Proteins
  • 3. Protein Structure Determination by NMR
  • 4. Protein Dynamics, Interaction, and Transient States Studied by NMR
  • III. Protein characterization by cryoEM
  • 1. Introduction to electron microscopy - Applications of electron microscopy in the life-science research
  • 2 Electron microscopy imaging - Transmission electron microscope, cryo-electron microscopy, principles of image formation.
  • 3. Data analysis - Alignment of the data in 2D, methods for 3D structure determination
  • IV. Protein characterization by single crystal X-ray diffraction and Bio-SAXS
  • 1A. Introduction to single crystal X-ray diffraction
  • 2A. Macromolecular crystallization techniques
  • 3A. Diffraction experiment
  • 4A. The Phase Problem & methods of its solving
  • 5A. Structural model & its refinement
  • 1B. Introduction to Biological Small Angle X-ray Scattering
  • 2B. Basic principles
  • 3B. SAXS experiment
  • 4B. Data analysis
  • 5B. SAXS based modeling
Výukové metody
  • online lectures
    uploaded gradually during the semester in the Interactive syllabus of the course
    students go through the commented presentations and videos individually
  • individual consultations with the lecturers
    • Metody hodnocení
    Essay on the topic of using a method for protein characterization in my thesis/project/research.
    Vyučovací jazyk
    Angličtina
    Informace učitele
    Another recommended course: S5017 Mass Spectrometry in Proteomics https://is.muni.cz/auth/predmet/sci/jaro2022/S5017
    Další komentáře
    Studijní materiály
    Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2023.