Bi1121c Data analysis in R for experimental and molecular biologists - practical course

Faculty of Science
Spring 2023
Extent and Intensity
0/2/0. 2 credit(s). Type of Completion: z (credit).
Teacher(s)
Mgr. Petra Ovesná, Ph.D. (seminar tutor)
Mgr. Kristína Gömöryová, Ph.D. (seminar tutor)
Mgr. Petr Tauš, Ph.D. (seminar tutor)
Mgr. Radek Fedr (seminar tutor)
Guaranteed by
prof. Mgr. Vítězslav Bryja, Ph.D.
Department of Experimental Biology – Biology Section – Faculty of Science
Contact Person: prof. Mgr. Vítězslav Bryja, Ph.D.
Supplier department: Department of Experimental Biology – Biology Section – Faculty of Science
Timetable
Fri 11:00–12:50 B09/316
Prerequisites (in Czech)
NOW( Bi1121 Data analysis in R for EMB )
Course Enrolment Limitations
The course is also offered to the students of the fields other than those the course is directly associated with.
The capacity limit for the course is 24 student(s).
Current registration and enrolment status: enrolled: 8/24, only registered: 0/24, only registered with preference (fields directly associated with the programme): 0/24
fields of study / plans the course is directly associated with
Syllabus (in Czech)
  • 1. Úvod - instalace R, prostředí Rstudio, základní pravidla psaní syntaxu (baseR) 2. Práce s daty - načtení dat, datové typy, transformace dat, základní sumarizace dat 3. Statistické metody - principy statistického uvažování, intervaly spolehlivosti, typy základních statistických testů, úvod do analýzy přežití 4. Experimentální design, power analýza 5. Grafika v R (base R, ggplot2, interaktivní vizualizace), typy grafů v molekulární biologii 6. Umělá inteligence a strojové učení - redukce dimenzí, klastrování, neuronové sítě 7. Flow cytometrie - FCS datová struktura, automatický gating, grafické výstupy 8. Analýza proteomických dat - úvod do hmotnostní spektrometrie, typy dat generovaných MS a způsoby jejich zpracování, navazující biologická analýza hitů (gene ontologies, interakční sítě, apod.) 9. Analýza scRNA-seq dat - úvod do scRNA-seq, kontrola kvality dat a jejich zpracování, klastrování a vizualizace 10. Analýza scRNA-seq dat - automatická anotace klastrů pomocí strojového učení, modelování vývojových trajektorií, integrace dat 11. Základy zpracování obrazů nejen z mikroskopu - bodové transformace, prahování, animace 12. Reprodukovatelnost - Git, GitHub, R Markdown, WorkflowR
Language of instruction
Czech
Further comments (probably available only in Czech)
The course is taught annually.
Information on course enrolment limitations: Na předmět se vztahuje povinnost registrace; bez registrace může být znemožněn zápis předmětu!
The course is also listed under the following terms Spring 2022, Spring 2024, Spring 2025.
  • Enrolment Statistics (Spring 2023, recent)
  • Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/spring2023/Bi1121c