Bi6721 Speciální metody analýzy mikroorganizmů

Přírodovědecká fakulta
jaro 2024
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Ing. Jiřina Kučerová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 19. 2. až Ne 26. 5. St 13:00–14:50 E25/209
Předpoklady
Předmět je určen především studentům navazujícího studijního programu Mikrobiologie, případně studentům jiných navazujících studijních programů. Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z molekulární biologie (Bi4020).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem předmětu je seznámit studenty s principy vybraných molekulárně biologických, biochemických a biofyzikálních metod pro analýzu mikroorganismů, s postupem pro volbu vhodné metody pro řešení reálného problému,s rozdíly v postupech používaných pro bakterie a kvasinky a s interpretací výsledků analýz. Studenti získají konkrétní informace o následujících procesech: 1) Izolace nukleových kyselin (NK) z mikroorganismů a analýza NK chromatografickými a elektromigračními metodami 2) Aplikace enzymů v analýze mikrobiálních genů 3) Sekvenční analýza mikrobiálních genů a genomů, sekvenace proteinů 4) Využití hybridizace a polymerázové řetězové reakce v mikrobiologii 5) Metody studia mikrobiálních proteinů a metabolitů 6) Využití rekombinantních NK při studiu mikroorganismů
Výstupy z učení
Na konci tohoto kurzu by studenti měli být schopni: porozumět a vysvětlit principy základních molekulárně biologických, biochemických a biofyzikálních metod metod využívaných v mikrobiologii, navrhnout postup pro řešení skutečného problému, realizovat rozdíly v metodách používaných pro bakterie a kvasinky; interpretovat výsledky.
Osnova
  • Metody analýzy mikroorganismů. Izolace nukleových kyselin.
  • Izolace DNA a mtDNA z kvasinek.
  • Fragmentace molekul DNA, restrikční enzymy.
  • Analýza nukleových kyselin pomocí elektromigračních metod.
  • Využití chromatografických metod při analýze nukleových kyselin.
  • Sekvenční analýza. Spektrofotometrická analýzy nukleových kyselin.
  • Hybridizace.
  • Polymerázová řetězová reakce (PCR).
  • Metody analýzy proteinů. Chromatografické stanovení mikrobiálních metabolitů a složek bakteriálních stěn.
  • Principy kvantitativní analýzy.
  • Imunomagnetické a afinitní separační techniky v diagnostice mikroorganismů.
  • Metody přípravy rekombinantních molekul DNA a RNA a jejich využití při studiu mikroorganismů
Literatura
    doporučená literatura
  • Persing D.H. a kol. Molecular Microbiology: Diagnostic Principles and Practice, 3rd Edition. 2016, 835 p. ISBN: 978-1-555-81908-8
  • Rozsypal S. a kol. Úvod do molekulární biologie, IV, 3 vydání, Brno 2002
  • Brown T.A. Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction, 8th Edition. 2020, Wiley-Blackwell, 432 p. ISBN: 978-1-119-64078-3
  • ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2005, 194 s. 1. vydání. ISBN 80-210-3841-1. info
Výukové metody
Výuka probíhá v případě příznivé epidemiologické situace prezenčně. Při výuce jsou používány powerpointové prezentace. Na předmět navazuje volitelné laboratorní cvičení.
Metody hodnocení
Výuka je ukončena testem. Test obsahuje minimálně 30 otázek, které musí být zodpovězeny písemně. Student musí zodpovědět správně alespoň 16 otázek (více jak 50% správných odpovědí). Výsledek testu je hodnocen zkoušejícím. Následuje krátká diskuse s vyučujícím nad výsledky testu (ústní část zkoušky).
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2025.