C7175 DNA diagnostika

Přírodovědecká fakulta
jaro 2024
Rozsah
2/0/0. 4 kr. Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
prof. RNDr. Omar Šerý, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Omar Šerý, Ph.D.
Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 19. 2. až Ne 26. 5. Po 13:00–14:50 B11/335
Předpoklady
C6200 Biochemické metody
Bez předpokladů.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem cyklu přednášek je seznámení se současnými trendy a využitím DNA diagnostiky v praxi
Výstupy z učení
Studenti budou na konci kurzu rozumět principům metody PCR, RealTime PCR, sekvenování, sekvenování nové generace, restrkičním analýzám, práci s DNA databázemi, legislativě Evropské unie týkající se zdravotnických prostředků in vitro, využití DNA diagnostiky v medicínské praxi. Studenti budou mít teoretické znalosti o metodách používaných v klinických laboratořích za účelem DNA diagnostiky bakteriálních a virových patogenů.
Osnova
  • 1. Obecný úvod, historie DNA diagnostiky (objevení struktury DNA, objevení principu PCR). 2. Princip řetězové polymerázové reakce tzv. master mixy, templátová DNA, primery, pufr, dNTP, DNA polymeráza, kroky PCR, termocyklér, metody množení DNA in vitro bez použití DNA polymerázy 3. Detekce amplifikované DNA, agarózové gely, polyakrylamidové gely, elektroforéza, PCR in situ, restrikční analýza 4. Real Time PCR, princip, sybrgreen, TaqMan, molecular bacons, detekce bodových polymorfizmů, kvantifikace metodou RealTime PCR, metody izolace DNA 5. Principy a využití genotypizačních metod (RFLP metody, metody založené na qPCR, SNaPshot metoda, čipové technologie, CNV analýza) 6. Principy NGS metod (příprava knihoven, pyrosekvenování, technologie Illumina, technologie Ion PGM systém, nanoball sekvenace) 7. Využití NGS metod v diagnostice (genom, exom, transkriptom, metagenom, rezistom, cílené resekvenace) 8. Modifikace PCR metod používané v diagnostice, diagnostika celiakie. 9. DNA diagnostika v lékařství: legislativní požadavky na in vitro diagnostické zdravotnické prostředky (IVDR) 10. Lékařská virologie: praktické využití DNA diagnostiky v přímé detekci virů. Detekce HIV, SARS-CoV-2, virových hepatitid, herpetických virů, papillomavirů atd. 11. Lékařská mikrobiologie a parazitologie: praktické využití DNA diagnostiky v přímé detekci mikroorganizmů. Detekce MTB, borélií, chlamydií, mycoplasmat, ureaplasmat atd.
Literatura
    doporučená literatura
  • Manual of commercial methods in clinical microbiology. Edited by Allan L. Truant. Washington: ASM Press, 2002, xix, 481 s. ISBN 1-55581-189-2. info
  • RAPLEY, Ralph. The nucleic acid protocols : handbook. Totowa, New Jersey: Humana Press, 1999, xxii, 1050. ISBN 0-89603-459-3. info
Výukové metody
Výukové metody zahrnují jednak přednášky s PowerPointovou prezentací, jednak samostudium doporučené literatury.
Metody hodnocení
Ústní zkouška
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2025.