C8302 Základy proteomiky - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2024
Rozsah
0/0/3. 3 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (cvičící)
Ing. Renata Holánková (cvičící)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (cvičící)
Ing. Blanka Pekárová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ondrej Šedo, Ph.D. (cvičící)
Garance
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
CG090 Metody v proteomice ||NOW( CG090 Metody v proteomice )
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 14/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem předmětu je prohloubit teoretické znalosti a získat praktické dovednosti v oblasti analýzy proteomu pomocí hmotnostní spektrometrie, separace proteinů, přípravy rekombinantní DNA, expreese a purifikace rekombianntních proteinů a jejich funkční analýzy.
Výstupy z učení
Po absolvování kurzu bude student schopen porozumět základním přístupům proteomiky z oblasti studia strukturních a funkčních vlastností proteinů pomocí technologie rekombinatních proteinů, separaci proteinů pomocí různých technik, zejména dvourozměrné elektroforézy a kapalinové chromatografie, a bude schopen porozumět principům základní techniky hmotnostní spektrometrie proteinů. Studenti budou schopni praktické aplikace těchto přístupů při řešení současných problémů základního i aplikovaného výzkumu proteinů.
Osnova
  • Hmotnostní spektrometrie proteinů (MALDI-TOF, LC-MS/MS, příprava a analýza vzorků, identifikace proteinů)
  • Exprese rekombinantní DNA v E. coli
  • Jedno- a vícekroková purifikace rekombinantních proteinů
  • Určení čistoty a analýza rekombinantních proteinů
  • Western bloting
  • Práce s proteinovými databázemi
  • Určení 3D konformace proteinů s podobnou sekvencí aminokyselin
Literatura
  • THIELLEMENT, Hervé. Plant proteomics : methods and protocols. Totowa, N.J.: Humana Press, 2007, xiii, 399. ISBN 9781597452274. info
  • LIEBLER, Daniel C. Introduction to proteomics : tools for the new biology. Totowa, NJ: Humana Press, 2002, ix, 198 s. ISBN 0-89603-991-9. info
Výukové metody
Praktické řešení úloh demonstrujících využití základních nástrojů současné proteomiky.
Metody hodnocení
Ukončení kurzu formou kolokvia. Úspěšné zakončení je podmíněno včasným dodáním všech požadovaných protokolů a absolvováním závěrečného pohovoru.
Informace učitele
Praktikum bude vyučováno blokově, pokud nebude oznámeno jinak, pak vždy v zápočtovém týdnu daného semestru.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2025.