C8856 Pokročilé metody molekulového modelování - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2024
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučující
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Garance
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 19. 2. až Ne 26. 5. St 10:00–10:50 C04/118
Předpoklady
Základní práce v Linuxovém prostředí. Je vhodné mít absolvované předměty C2110 Operační systém UNIX a základy programování a C2115 Praktický úvod do superpočítání.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Během cvičení bude prakticky studován enzym chorismát mutáza popř. jiný systém dle volby studenta.
Výstupy z učení
Student bude schopen samostatně studovat systém pomocí nástrojů molekulového modelování.
Osnova
  • Základní náležitosti kladené na modely biomolekulárních systémů * Limitace experimentálních (X-ray, NMR, CryoEM) a predikovaných (AlphaFold2, ESM-Fold, RoseTTAFold2) struktur * Ionizovatelné skupiny a vliv pH na model * Docking substrátů do aktivního místa * Jak správně solvatovat biomolekulární systémy * Typy modelů vody a iontů * Molekulární dynamika (MD) biomolekulárních systémů * Analýza MD trajektorií * Hybridní QM/MM popis aktivního místa enzymatické reakce * Výpočet reakčních profilů * Studium reakčních mechanismů
Literatura
  • Encyclopedia of computational chemistry. Edited by Paul von R. Schleyer. Chichester: John Wiley & sons, 1998, xxix, 812. ISBN 047196588X. info
  • LEACH, Andrew R. Molecular modelling : principles and applications. 2nd ed. Harlow: Prentice Hall, 2001, xxiii, 744. ISBN 0582382106. info
  • JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. Third edition. Chichester: Wiley, 2017, xxii, 638. ISBN 9781118825990. info
Výukové metody
Práce na projektu v počítačové učebně s možností vzdáleného přístupu.
Metody hodnocení
Diskuse nad výsledky projektu, volitelný protokol
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2025.