CG031 Cvičení z modelování proteinových komplexů

Přírodovědecká fakulta
jaro 2024
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučující
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat. (cvičící)
Garance
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Přednáška CG030 (Struktura a funkce proteinových komplexů), výhodou je absolvování předmětu Bi9061 (Bioinformatika – cvičení).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 9 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/9, pouze zareg.: 0/9, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/9
Jiné omezení: Garant si vyhrazuje právo vybrat studenty. Přednost mají studenti s předchozí zkušeností s proteinovými strukturami
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Studenti by se měli naučit pracovat s proteinovými strukturami a jejich databázemi. Měli by se seznámit s možnostmi modelování proteinových struktur a dockování protein-proteinových interakcí.
Výstupy z učení
Studenti se naučí pracovat s proteinovými strukturami a jejich databázemi. Seznámí se s možnostmi modelování proteinových struktur a dockování protein-proteinových interakcí.
Osnova
  • Seznámení se s databázemi proteinových struktur. Základy práce s pdb soubory a visualizace proteinových struktur. Možnosti modelování proteinových struktur. Způsoby dockování proteinových domén. Analýza proteinových-proteinových interakcí pomocí nástroje CoZoId.
Literatura
    doporučená literatura
  • BEER, de, TAP BERKA, K THORNTON, JM LASKOWSKI a RA. PDBsum additions. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2014, roč. 42, D1, s. "D292"-"D296", 5 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkt940. info
  • JIMENEZ-GARCIA, B PONS a C FERNANDEZ-RECIO. pyDockWEB: a web server for rigid-body protein-protein docking using electrostatics and desolvation scoring. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2013, roč. 29, č. 13, s. 1698-1699. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btt262. info
Výukové metody
Praktické ukázky a práce s výpočetními nástroji.
Metody hodnocení
Hodnocení závěrečného projektu.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2025.