PřF:C9926 Problémy molekulových simulací - Informace o předmětu

C9926 Problémy molekulových simulací

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučováno kontaktně

Vyučující

prof. RNDr. Robert Vácha, PhD. (přednášející)
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

C7790 Úvod do mol. mod.
Frequent use of software for molecular modelling

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/10, pouze zareg.: 0/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10

Cíle předmětu

The course is focused on issues (limitations, errors, and artifacts), which has been observed and documented in molecular simulations. The main objective of the course is to provide the students with the ability to:
- learn from the mistakes of others
- understand limitations and errors of parameterizations and simulation conditions
- apply the obtained knowledge to analysis of molecular simulations

Výstupy z učení

Student will be able to:
- understand the origin of the issues of molecular simulations
- analyze simulations for existence of the issues
- identify conditions where the issues can be expected
- learn from the previous mistakes

Osnova

• 1. Thermostats - flying ice cube; Equipartition theorem; hot solvent cold solute; stochastic thermostats and dynamics
  
  2. Long range interactions - cut off; charge neutrality of the system; dipole in the system
  
  3. Forcefiled - parametrisation; mixing rules; polarization catastrophe; implicit solvent
  
  4. External field - perpetum mobile
  
  
• 1. Termostaty - letící ledová kostka (Flying ice cube); Zachování ekvipartičního teorému; oddělené termostaty pro různé částí systému; stochastické termostaty a dynamika
  
  2. Dalekodosahové interakce - cut off; elektroneutralita systému; dipól v boxu
  
  3. Forcefield - parametrizace; různá mixovací pravidla; polarizační katastrofa; implicitní solvent
  
  4. Externí pole - elektrické perpetum mobile
  
  

Literatura

• Molecular Dynamics Simulations of Lipid Bilayers: Major Artifacts Due to Truncating Electrostatic Interactions; DOI: 10.1016/S0006-3495(03)75094-2
• The good, the bad and the user in soft matter simulations; DOI: 10.1016/j.bbamem.2016.02.004

Výukové metody

Study of the provided literature, presentation and discussion of the issues at the classes

Metody hodnocení

For successful completion is required: attendance at least 80%, active participation in all discussions, presentation of at least two issues and being able to answer the given questions

Vyučovací jazyk

Angličtina

Další komentáře

Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Výuka probíhá každý týden.
S.

• Statistika zápisu (nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2025/C9926