Bi5000 Úvod do praktické bioinformatiky

Přírodovědecká fakulta
podzim 2009
Rozsah
1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Rozvrh
Út 10:00–11:50 G2,02003
Předpoklady
Ex_3065 Molekulární biologie || Imp_9115 Molekulární biologie || B3120 Molekulární biologie || B4030 Molekulární biologie || B5740 Molekulární biologie || B6130 Molekulární biologie || B7940 Molekulární biologie || B4020 Molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. Bi4020).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Jiné omezení: omezení se vztahuje na 1 hod. cvičení v učebně COMPB, nikoli na přednášku
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii dostupnými na internetu jako jsou molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití. Na konci kurzu jsou studenti schopni provádět návrh primerů, párové a mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogenetické studie, anotaci nově stanovených sekvencí a přípravu sekvencí pro deponování v databázi.
Osnova
  • Molekulárně biologické databáze.
  • Sekvencování DNA.
  • Manipulace se sekvenčními daty.
  • Posuzování podobnosti sekvencí.
  • Mnohonásobné přiřazení sekvencí.
  • Srovnávací genomika.
  • Počítačové vyhledávání genů.
  • Vyhledávání motivů u proteinů.
  • Predikce sekundární struktury RNA.
  • Zaslání sekvence do databází.
  • Fylogenetické studie založené na sekvencích DNA a proteinů.
  • Analýza obrazu elektroforetických gelů.
Literatura
  • CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 150 s. ISBN 80-200-1360-1. info
  • Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
  • ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
  • Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info
Výukové metody
Výuka probíhá každý týden formou přednášek a samostatných cvičení v počítačové učebně.
Metody hodnocení
Pro ukončení předmětu je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaných úkolů z každého probíraného tématu. Zkouška ústní, řešení samostatného úkolu.
Navazující předměty
Informace učitele
http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.