Bi7201c Základy genomiky - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2009
Rozsah
0/3/0. 3 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Eliška Nejedlá, CSc. (cvičící)
RNDr. Alena Kuderová, CSc. (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
Mgr. Tereza Dobisová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Markéta Pernisová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jakub Horák, Dr. rer. nat. (cvičící)
Mgr. et Mgr. Veronika Oškerová, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi7201c/beh_01: Rozvrh nebyl do ISu vložen.
Bi7201c/beh_02: Rozvrh nebyl do ISu vložen.
Bi7201c/beh_03: Rozvrh nebyl do ISu vložen.
Předpoklady
NOW( Bi7201 Genomika )
Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie a genetiky.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Jiné omezení: pro zápis do cvičení je nutné absolvování teoretické přednášky Bi7201
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Studenti získají praktické zkušenosti se základními metodami funkční genomiky, t.j. především metody identifikace inzerčních mutantů pomocí PCR: Od navržení primeru, jejich přípravy pomocí syntézy DNA, provedení vlastní PCR reakce, identifikace PCR produktů na gelu a potvrzení specificitry produktů pomocí Southern blot a hybridizace se značenou sondou až po fragmentační analýzu na automatickém sekvenátoru. Práce probíhá ve skupinách po 2 a každý si tak může prakticky vyzkoušet samostatný přístup jak k plánování experimentu, tak i jeho provedení. Na konci tohoto kurzu získají studenti přehled o základních přístupech funkční genomiky, které budou schopni využít při řešení problémů vlastní odborné praxe.
Osnova
  • Design sekvence oligonukleotidů
  • Syntéza oligonukleotidů
  • Analýza genové exprese pomocí transkripční fůze
  • Izolace rostlinné genomové DNA
  • Identifikace inzerčního mutanta pomocí PCR
  • Práce s databázemi molekulárně-biologických informací
  • Přenos DNA na membránu, příprava značené sondy a hybridizace
  • Detekce hybridizované sondy
  • Fragmentační analýza
Literatura
  • Functional genomics : methods and protocols. Edited by Michael J. Brownstein - Arkady B. Khodursky. Totowa, N.J.: Humana Press, 2003, xii, 258. ISBN 1588292916. info
  • Plant functional genomics. Edited by Erich Grotewold. Totowa, N.J.: Humana Press, 2003, xv, 449 s. ISBN 1588291456. info
Výukové metody
Praktické řešení problémů demonstrujících využití základních nástrojů funkční genomiky.
Metody hodnocení
Ukončení kurzu formou kolokvia. Úspěšné zakončení je podmíněno včasným dodáním všech požadovaných protokolů a absolvováním závěrečného pohovoru.
Navazující předměty
Informace učitele
Výuka předmětu "Bi7201c Základy genomiky, cvičení", proběhne v podzimním semestru 2009 blokově ve třech bězích (23.-27.11., 30.11.-4.12. a 7.-11.12. 2009). Na jednotlivé běhy budou vypsány seminární skupiny, do kterých se přihlašte tak, jak vám to bude časově lépe vyhovovat. NUTNOU podmínkou možnosti abslovovat cvičení je úspěšná zkouška z předmětu Bi7201 Základy genomiky (blíže viz stránky předmětu).
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012.