PřF:Bi9060 Bioinformatika II - Informace o předmětu
Bi9060 Bioinformatika II - proteiny
Přírodovědecká fakultapodzim 2010 - akreditace
- Rozsah
- 1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. et Mgr. Veronika Oškerová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník) - Garance
- prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. - Předpoklady
- ( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && NOW ( Bi5000 Bioinformatika I ) && ! C9080 Bioinformatics
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Analytická biochemie (program PřF, N-BCH)
- Matematická biologie (program PřF, B-BI)
- Matematická biologie (program PřF, N-BI)
- Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-BI)
- Obecná biologie (program PřF, N-BI)
- Cíle předmětu
- The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. Bioinformatics covers different computer applications in biological sciences and in its broadest sense the Bioinformatics means information technology applied to the management and analysis of biological data. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc.
- Osnova
- I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the Worl Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling
- Literatura
- Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.
- Výukové metody
- lectures and class discussions
- Metody hodnocení
- Written test: 50 questions Oral examination: practical
- Vyučovací jazyk
- Angličtina
- Navazující předměty
- Informace učitele
- http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html
- Další komentáře
- Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.
- Statistika zápisu (podzim 2010 - akreditace, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2010-akreditace/Bi9060