C9530 Strukturní biochemie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2010 - akreditace
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D.
Předpoklady
Kurz je určen studentům biochemie a příbuzných oborů (molekulární biologie, bifyzika) a všem zájemcům o moderní metody určování struktur biomakromolekul.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem přednášky je poskytnout základní informace o určování struktury biomakromolekul (zejména proteinů a nukleových kyselin). Je koncipována jako obecný přehled určený studentům, kteří se nechtějí v tomto oboru specializovat, ale může posloužit i jako úvod k pokročilým kurzům strukturní analýzy. Studenti, kteří úspěšně ukončí kurz budou schopni aplikovat metody prohledávání databází struktur, analyzovat strukturní modely, rozhodovat, která metoda určování struktury je vhodná pro daný případ a pochopit základní principy určování struktur a analýzy výchozích dat.
Osnova
  • 1-4. Pojem struktury makromolekul, základní strukturní motivy proteinů, nukleových kyselin, struktura sacharidů a membrán. 5. Výpočetní metody, molekulová mechanika a dynamika, simulované žíhání. 6. Příprava vzorku, sekvenace nukleových kyselin, proteinů a sacharidů. 7. Optické metody charakterizace biomakromolekul: cirkulární dichroismus, infračervená spektroskopie. 8-9. Rentgenová strukturní analýza. Příprava krystalů, difrakční experiment, metody řešení fázového problému, mapy elektronové hustoty, výstavba strukturního modelu. 10-11. Nukleární magnetická rezonance. Izotopové značení, NMR experiment, přiřazení frekvencí ve spektrech, určení geometrie (NOE, interakční konstanty), dynamika proteinů. 12. Databáze struktur, bioinformatika, počítačové předpovídání a modelování.
Literatura
  • LESK, Arthur M. Introduction to protein architecture : the structural biology of proteins. Oxford: Oxford University Press, 2001, xii, 347. ISBN 0198504748. info
  • FINKEL‘ŠTEJN, Aleksej Vital‘jevič a Oleg Borisovič PTICYN. Protein physics : a course of lectures. Amsterdam: Academic Press, 2002, xix, 354. ISBN 0122567811. info
  • DAUNE, Michel. Molecular biophysics : structures in motion. Oxford: Oxford University Press, 1999, xxii, 499. ISBN 0-19-857783-4. info
  • MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
  • RHODES, Gale. Crystallography made crystal clear : a guide for users of macromolecular models. 2nd ed. San Diego, Calif.: Academic Press, 2000, xix, 269. ISBN 0125870728. info
  • CAVANAGH, John. Protein NMR spectroscopy : principles and practice. 2nd ed. Amsterdam: Elsevier, 2007, xxv, 885. ISBN 9780121644918. info
  • ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
Výukové metody
Základní principy jsou vysvětleny v přednáškách doplněných prezentací modelových příkladů a otevřených diskusi. Všechny přednášky jsou shrnuty a rozšířeny o další příklady v elektronické učebnici, poskytované studentům zdarma.
Metody hodnocení
"Ústní" zkouška se skládá ze dvou částí, praktických úkolů (řešených formou testu) a bezprostředně navazující ústní diskuse se zkoušejícím. Hodnocení vychází zejména (z 80 %) z praktické části. Během řešení praktických úloh a přípravy na diskusi je povoleno používat přinesenou literaturu, poznámky, informace z internetu, je však vyžadováno samostatné řešení. K přípravě na praktickou část slouží cvičení C9531.
Informace učitele
http://ncbr.chemi.muni.cz/~lzidek/C9530/C9530.html
Doporučuji účast v cvičení C9531, kde budou řešeny praktické úkoly, na kterých je založena zkouška.
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2001, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.