Bi5447 Databázové systémy v biomedicíně

Přírodovědecká fakulta
podzim 2011
Rozsah
1/1/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
RNDr. Daniel Klimeš, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: RNDr. Daniel Klimeš, Ph.D.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem předmětu je seznámit studenty s databázovými systémy a jejich využitím v oblasti klinického a biomedicínského výzkumu. Důraz je kladen na praktické dovednosti v práci s relační databází a dotazovací jazyk SQL. Student po absolvování předmětu má představu o současných možnostech databázových technologií, dokáže pracovat s relační databází, čerpat z ní data dle požadovaných podmínek, předzpracovávat rozsáhlá data s využitím SQL jazyka. Dále bude schopen vytvářet databázovou strukturu, vkládat data do databáze jak standardními prostředky SQL, tak pomocí specifických datových pump. Praktická cvičení budou probíhat jak na volně dostupném software, tak nad profesionální komerční databází.
Osnova
  • Databázové systémy, typy, současná nabídka, relační struktura, metody sběru dat
  • SQL - řídící jazyk pro relační databázové systémy, datové typy
  • SQL DML příkazy (Data manipulation language)
  • SQL DDL příkazy (Data definition language)
  • Databázové transakce, konkureční zpracování dat, řízení přístupu k datům v databázích
  • SQL - pokročilé konstrukce
  • ORACLE - rozšířené SQL - analytické funkce
  • ORACLE - základy procedurálního jazyka PL/SQL
  • Import dat, datové pumpy, software SQLLDR
  • Sběr klinických dat, softwarová řešení, životní cyklus klinického registru
  • Základy XML, datová rozhraní
Výukové metody
Výuka probíhá v počítačové učebně, po úvodní přednášce následuje praktické cvičení.
Metody hodnocení
zápočet je udělován za vypracování domácího úkolu z oblasti SQL a práce s databází. Zkouška je formou testu, úkolem je vytvořit obdobu SQL příkazů procvičovaných v předchozích praktických hodinách.
Informace učitele
V podzimním semestru 2011 bude výuka probíhat vždy ve středu od 15-17h na Kamenici 126/3 , 6.patro , počítačová učebna
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, jaro 2021, jaro 2022.