Bi7560 Úvod do R

Přírodovědecká fakulta
podzim 2015
Rozsah
0/2. 2 kr. Ukončení: z.
Vyučující
Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D. (cvičící)
Garance
Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Vít Syrovátka, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi7560/01: Út 12:00–13:50 B09/316, V. Syrovátka
Bi7560/02: Út 14:00–15:50 B09/316, V. Syrovátka
Předpoklady
Bi5040 Biostatistika - základní kurz
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem cvičení je překonat strach studentů z příkazového řádku a seznámit je se základy práce s daty v programovém prostředí R. Po absolvování kurzu by studenti měli být natěšeni do práce v R a schopni v programu R provádět základní operace s daty, předcházející a doprovázející jejich statistickou analýzu či grafické zobrazení. Tento kurz je vhodnou prerekvizitou navazujících předmětů zaměřených již na vlastní analýzu dat (Bi7920 Zpracování biologických dat a Bi7550 Practical Analysis of Biological Data – Seminar) a jejich grafickou prezentaci (Bi8190 Vizualizace biologických dat) a měl by umožnit studentům plné soustředění na statistické a grafické metody a netápat v kódu.
Osnova
  • Obecně o R, instalace R, rozšiřovací balíky
  • R editory, R jako kalkukačka
  • Používání funkcí, nápověda
  • Objekty v R
  • Sekvence
  • Repetice
  • Subscriptování (výběr)
  • Řazení hodnot v objektech
  • Spojení dvou objektů
  • Import a export dat a výsledků
  • Jednoduché smyčky
Literatura
  • DROZD, Pavel. Cvičení z biostatistiky: Základy práce se softwarem R. Ostrava 2007
  • Paradis E. 2005. R for Beginners. http://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_en.pdf
  • ZUUR, Alain F., Elena N. IENO a H. W. G. MEESTERS. A beginner's guide to R. New York, N.Y.: Springer, 2009, 218 s. ISBN 9780387938363. info
  • SPECTOR, Phil. Data manipulation with R. New York: Springer, 2008, ix, 152. ISBN 9780387747309. info
Výukové metody
Výuka bude probíhat týdně formou praktického cvičení v počítačové učebně v Bohunicích. Zároveň budou zadávány nepovinné (ale doporučené) domácí úkoly.
Metody hodnocení
Praktická zápočtová úloha na posledním cvičení. Student musí získat alespoň 12 z 20 bodů.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.