Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2016
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jan Šmarda, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 19. 9. až Ne 18. 12. Čt 8:00–9:50 E25/339
Předpoklady
Výuka je určena zájemcům o pokročilé molekulární genetické a diagnostické metody, které se využívají při analýze mikroorganismů . Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z předmětu Molekulární biologie (Bi4020), Obecná mikrobiologie (Bi4090).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kursu budou studenti seznámeni s využitím pokročilých molekulárně biologicých metod v mikrobiologii. Budou schopni najít vhodný postup při řešení konkrétního problému a interpretovat výsledky.
Osnova
  • Různé éry studia mikrobiálních buněk. Metody kultivační. Metody nekultivační.
  • Techniky rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů.
  • Příprava rekombinantních DNA molekul pro diagnostické účely. Sondy NK, jejich charakterizace a použití.
  • Značení a způsoby detekce sond.
  • Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace v roztoku a na pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace.
  • Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
  • Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu neseného sondou.
  • PCR v reálném čase. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky.
  • Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami. Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech.
  • Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů a proteinové fingerprinty.
  • Různé způsoby sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí.
  • Analýza mikrobiálních komunit – metagenomika.
  • Využití magnetických mikročástic v molekulární diagnostice mikroorganismů.
  • Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek.
  • Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
    doporučená literatura
  • Molecular microbiology : diagnostic principles and practice. Edited by David H. Persing. 2nd ed. Washington, DC: ASM Press, 2011, xvi, 936. ISBN 9781555814977. info
  • BROWN, T. A. Klonování genů a analýza DNA : úvod. Translated by Martin Fellner. 1. české vyd. V Olomouci: Univerzita Palackého, 2007, xviii, 389. ISBN 9788024417196. info
Výukové metody
Při výuce jsou používány prezentace v Powerpointu. Při vysvětlování problematiky jsou využívány presentace výsledků vlastní analýzy reálných vzorků.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen ústní zkouškou. U ústní zkoušky dostane student 3 otázky. Celkový výsledek zkoušky je hodnocen zkoušejícími.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2017, podzim 2018.