PřF:C2115 Superpočítání - Informace o předmětu
C2115 Praktický úvod do superpočítání
Přírodovědecká fakultapodzim 2016
- Rozsah
- 0/2. 2 kr. Ukončení: k.
- Vyučující
- RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Bouchal, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jakub Štěpán, Ph.D. (cvičící) - Garance
- RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Předpoklady
- C2110 UNIX a programování
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 42 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/42, pouze zareg.: 0/42, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/42 - Mateřské obory/plány
- Analytická biochemie (program PřF, N-BCH)
- Analytická chemie (program PřF, D-CH4)
- Analytická chemie (program PřF, N-CH)
- Anorganická chemie (program PřF, D-CH4)
- Anorganická chemie (program PřF, N-CH)
- Aplikovaná biochemie (program PřF, B-AB)
- Biofyzikální chemie (program PřF, B-CH)
- Biofyzika (program PřF, B-FY)
- Biofyzika (program PřF, D-FY4)
- Biofyzika (program PřF, N-FY)
- Biochemie (program PřF, B-BCH)
- Biochemie (program PřF, D-BCH4)
- Biochemie (program PřF, N-BCH)
- Biomolekulární chemie (program PřF, D-BCH4)
- Biomolekulární chemie (program PřF, N-BCH)
- Fyzikální chemie (program PřF, D-CH4)
- Fyzikální chemie (program PřF, N-CH)
- Chemie (program PřF, B-CH)
- Chemie životního prostředí (program PřF, D-CH4)
- Chemie životního prostředí (program PřF, N-CH)
- Chemoinformatika a bioinformatika (program PřF, B-BCH)
- Materiálová chemie (program PřF, D-CH4)
- Materiálová chemie (program PřF, N-CH)
- Modelování a výpočty (program PřF, B-MA)
- Organická chemie (program PřF, D-CH4)
- Organická chemie (program PřF, N-CH)
- Strukturní chemie (program PřF, N-CH)
- Cíle předmětu
- Předmět je primárně určen pro studenty věnující se výpočtům v oblasti biochemie, chemie i biofyziky. Cílem předmětu je zvýšení schopnosti studentů efektivně využívat dostupné výpočetní zdroje a má za úkol rozvíjet základní znalosti ze skriptování ve smyslu analýzy získaných dat. Zároveň je ve výuce kladen důraz na praktickou aplikaci dostupného software, ať již komerčního, nebo vyvíjeného na Národním centru pro výzkum biomolekul.
- Osnova
- Historie, využití a budoucnost výpočetní techniky. Příklady reálných problémů řešených ve skupině výpočetní chemie. Přehled výpočetních center v České republice: MetaCentrum, CERIT-SC, IT4Innovation. Zahraniční výpočetní centra.
- Stručný úvod do UNIXu. Seznámení se s prostředím výpočetního clusteru WOLF, struktura, software. Registrace uživatelů do MetaCentra.
- Architektura počítače. Reprezentace číselných hodnot v číslicové technice. Od problému k výsledku. Šíření chyb v numerických výpočtech.
- Fortran jako významný jazyk využívaný v superpočítání. Historie. Syntaxe. Překladače. Numerické knihovny.
- Urychlení výpočtů pomocí paralelizace. Typy paralelizace. Praktická ukázka použití OpenMP a MPI. Efektivita paralelizace.
- Dávkové systémy PBSPro a Torque. Zadávání úloh v prostředí MetaCentra využívající programy Gaussian a AMBER. Infinity jako nástavba dávkových systémů.
- Hardwarové akcelerátory. Molekulární simulace využívající GPU akcelerátory.
- Literatura
- CHIVERS, Ian a Jane SLEIGHTHOLME. Introduction to Programming with Fortran: With Coverage of Fortran 90, 95, 2003, 2008 and 77. Springer. 2012, 619 s. ISBN 978-0-85729-232-2. info
- CLERMAN, Walter. Modern Fortran: style and usage. New York. Cambridge University Press, 2012, 334 s. ISBN 978-0-521-51453-8. info
- PACHECO, Peter S. An introduction to parallel programming. Amsterdam; Boston: Morgan Kaufmann, 2011. ISBN 978-0-12-374260-5. info
- High performance computing: from grids and clouds to exascale. Washington, DC: IOS Press, 2011. Advances in parallel computing, v. 20. ISBN 978-1-60750-802-1. info
- Výukové metody
- přednášky, diskuse, skupinové projekty v počítačové učebně
- Metody hodnocení
- schválené písemné protokoly ze studentských projektů, závěrečný test, test se skládá z 50 otázek, více možností, správná odpověď plus jeden bod, nesprávné odpovědi minus čtvrtina bodu, ke složení kolokvia je nutné získat nejméně 35 bodů
- Navazující předměty
- Informace učitele
- Předmět bude vyučován blokově v lednu/únoru 2014.
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
- Statistika zápisu (podzim 2016, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2016/C2115