PřF:C7800 Úvod do mol. mod. - cv. - Informace o předmětu
C7800 Úvod do molekulového modelování - cvičení
Přírodovědecká fakultapodzim 2024
- Rozsah
- 0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.
- Vyučující
- RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Július Zemaník (přednášející) - Garance
- RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Předpoklady
- NOW ( C7790 Úvod do mol. mod. )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou. - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/30, pouze zareg.: 9/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30 - Mateřské obory/plány
- předmět má 13 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.
- Výstupy z učení
- Student bude po absolvování předmětu schopen:
- vytvořit vhodné modely studovaných problémů;
- provést základní kvantově chemické a molekulárně mechanické výpočty;
- vypočítat interakční energie;
- nalézt tranzitní stav elementární reakce a určit její aktivační energii;
- popsat dynamiku malého molekulárního systému; - Osnova
- 1. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
- 2. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
- 3. Vypracování samostatných projektů
- Literatura
- LEACH, Andrew R. Molecular modelling : principles and applications. 2nd ed. Harlow: Prentice Hall, 2001, xxiii, 744. ISBN 0582382106. info
- CRAMER, Christopher J. Essentials of computational chemistry : theories and models. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2004, xx, 596. ISBN 0470091819. info
- JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
- REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info
- Výukové metody
- praktické cvičení
- Metody hodnocení
- Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).
- Informace učitele
- Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.
- Další komentáře
- Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
- Statistika zápisu (nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2024/C7800