PřF:C7189 Úvod do molekulární medicíny - - Informace o předmětu
C7189 Úvod do molekulární medicíny - cvičení
Přírodovědecká fakultapodzim 2016
- Rozsah
- 0/0/3. 3 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
- Vyučující
- doc. Mgr. Jiří Šána, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Jaroslav Juráček, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Táňa Macháčková, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Marek Večeřa (cvičící) - Garance
- prof. RNDr. Zdeněk Glatz, CSc.
Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. Jiří Šána, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh seminárních/paralelních skupin
- C7189/01: Po 19. 9. až Ne 18. 12. Čt 13:00–15:50 C15/211
C7189/02: Po 19. 9. až Ne 18. 12. Čt 16:00–18:50 C15/211 - Předpoklady
- C7188 Úvod do molekulární medicíny ||NOW( C7188 Úvod do molekulární medicíny )
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24 - Mateřské obory/plány
- Biochemie (program PřF, N-BCH)
- Biomolekulární chemie (program PřF, N-BCH)
- Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)
- Cíle předmětu
- Cílem cvičení je seznámit studenty s metodickými principy molekulární medicíny se zaměřením na využití molekulárně-biologických metod v diagnostice a individualizaci léčby. Student se seznámí s danou problematikou, počínaje designem studie určené k identifikaci biomarkerů, přes jejích experimentální realizaci, statistické vyhodnocení a navržení možné implementace do klinické praxe.
- Osnova
- 1. Seznámení se základními metodickými přístupy v molekulární medicíně, obecnými principy práce v molekulárně-biologické laboratoři, demonstrace přístrojové techniky a prohlídka laboratorních provozů využívaných v molekulárně-medicínském výzkumu. 2. Úvod do principů designování studií v molekulární medicíně, ukázky modelových studií, identifikace diagnostických, prognostických a prediktivních biomarkerů, odhad velikosti souboru pacientů potřebného pro dosažení statistické významnosti (sample size estimation), volba vhodných experimentálních přístupů, dostupnost biologického materiálu, vysokokapacitní analýza = screening a několika úrovňové validace, systémy kontrol, časový plán, rozpočet. Detailní design studie na základě zadání cvičícího. 3. Typy biologického materiálu, základní principy práce s biologickým materiálem v molekulární medicíně (skladování, homogenizace tkáně, separace buněk, volba optimálního postupu pro izolaci nukleových kyselin). Homogenizace, izolace nukleových kyselin (DNA, RNA), kontrola jejich čistoty (Thermo NanoDrop) a integrity (LOC technologie – Agilent Bioanalyzer, gelová elektroforéza). 4. Vysokokapacitní analýzy – výhody a nevýhody jednotlivých přístupů, globální analýzy exprese kódujících genů (platforma Affymetrix) a mikroRNA (qRT-PCR arrays (TaqMan Low-Density Arrays), úvod do hodnocení experimentálních dat, identifikace potenciálních biomarkerů. Názorné ukázky a zpracování reálných experimentálních dat na základě designu studie (bod 2). 5. Validace I – využití individuálních qRT-PCR assayí na rozsáhlých a nezávislých souborech pacientů v souladu s designem studie. Příklady návrhů experimentu pro Real-Time PCR, několika-úrovňové systémy kontrol. Reverzní transkripce. 6. Validace II – využití individuálních qRT-PCR assayí na rozsáhlých a nezávislých souborech pacientů v souladu s designem studie. Real-Time PCR. 7. Statistické vyhodnocení dat z validace. Úvod do biostatických metod (Mann-Whitney test, Wilcoxon test, multivariační analýza (Coxův regresní model), ROC analýza - senzitivita, specificita, Kaplan-Meirova analýza přežití, ...). 8. Funkční validace biomarkerů. In vitro experimenty, základy práce v kultivační laboratoři, obecné principy práce a design experimentů s buněčnými modely. 9. Kultivace buněk, tvorba růstových křivek a testy cytotoxicity vybraných cytostatik (IC50). 10. Transfekce buněk syntetickými oligonukleotidy s cílem utlumit hladiny transkriptu vybraného genu. Ověření účinnosti transfekce (qRT-PCR, western blot). 11. Vliv transfekce na viabilitu, apoptózu a buněčný cyklus (MTT test, průtoková cytometrie - Annexin V a propidium jodid) 12. Celkové zhodnocení studie, výsledný protokol a doporučení pro případnou implementaci testovaného biomarkeru do klinické praxe. Udělení zápočtu.
- Literatura
- ZIMA, Tomáš. Laboratorní diagnostika. 2., dopl. a přeprac. vyd. Praha: Galén, 2007, xxxviii, 9. ISBN 9788024614236. info
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
- Statistika zápisu (podzim 2016, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2016/C7189