Bi9061 Bioinformatika – cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2017
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (cvičící)
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Petra Babková (cvičící)
Mgr. Pavol Bárdy, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Tomáš Buryška, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jan Dvorský, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Adéla Finstrlová, Ph.D. (cvičící)
Ing. Klaudia Chmelová (cvičící)
Mgr. Antonín Kunka, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Pavel Vaňáček, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Michal Zeman, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi9061/01: Po 18. 9. až Pá 15. 12. St 11:00–12:50 B09/316, J. Damborský, R. Pantůček
Bi9061/02: Po 18. 9. až Pá 15. 12. St 13:00–14:50 B09/316, J. Damborský, R. Pantůček
Bi9061/03: Po 18. 9. až Pá 15. 12. St 15:00–16:50 B09/316, J. Damborský, R. Pantůček
Předpoklady
( Bi5000 Bioinformatika I && Bi9060 Bioinformatika II ) || (NOW( Bi5000 Bioinformatika I ) && NOW( Bi9060 Bioinformatika II )) && ! C9081 Bioinformatics - practice
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 70 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/70, pouze zareg.: 0/70, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/70
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Studenti si osvojí práci s řadou bioinformatických databází a nástrojů, které jsou běžně využívány v rámci biologického a biochemického výzkumu.
Osnova
  • 1. Bioinformatické databáze
  • 2. Manipulace se sekvenčními daty
  • 3. Návrh primerů a restrikční analýza
  • 4. Párové sekvenční přiložení
  • 5. Mnohonásobné sekvenční přiložení
  • 6. Hledání a identifikace genů
  • 7. Analýza proteinových sekvencí
  • 8. Anotace nukleotidové sekvence pro zaslání do databáze
  • 9. Strukturní databáze
  • 10. Předpověď struktury proteinů
Literatura
    doporučená literatura
  • CLAVERIE, Jean-Michel a Cedric NOTREDAME. Bioinformatics for dummies. 2nd ed. Hoboken, N.J.: Wiley, 2007, xviii, 436. ISBN 9780470089859. info
    neurčeno
  • XIONG, Jin. Essential bioinformatics. 1st pub. Cambridge: Cambridge University Press, 2006, xi, 339. ISBN 0521600820. info
  • ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
Výukové metody
cvičení v počítačové učebně
Metody hodnocení
Písemný test - řešení praktických úkolů
Informace učitele
http://loschmidt.chemi.muni.cz/bioinf
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2018.