PřF:C2136 Pokročilá chemoinformatika - Informace o předmětu
C2136 Pokročilá chemoinformatika
Přírodovědecká fakultapodzim 2018
- Rozsah
- 2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
- Vyučující
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Ing. Crina-Maria Ionescu, Ph.D. (pomocník)
Sushil Kumar Mishra, Ph.D. (pomocník) - Garance
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Po 17. 9. až Pá 14. 12. St 16:00–17:50 C04/118
- Předpoklady
- C2130 Úvod do chemoinformatiky a bioinformatiky
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
- Cíle předmětu
- Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti chemoinformatiky. Na konci kursu budou studeni schopni provádět predikci fyzikálně chemických vlastností molekul na základě jejich struktury s využitím QSPR modelů. Dále získají studenti zkušenosti virtuálním screeningem a aplikací dockingu v této oblasti. Studenti budou také schopni vyhledávat informace o molekulách a jejich vlastnostech v chemoinformatických databázích. Studenti se rovněž naučí pracovat s moderními metodikami pro zpracování chemoinformatických dat, jako jsou genetické algoritmy, neuronové sítě, analýza klastrů a support vector machines.
- Osnova
- 1) Modely pro predikci fyzikálně chemických vlastností molekul na základě jejich struktury (QSPR modely) – teoretický popis modelu 2) Návrh QSPR modelu a výběr deskriptorů 3) Lineární a multilineární regrese v QSPR modelu 4) Metriky kvality QSPR modelu 5) Nelineární QSPR modely 6) Aplikace QSPR modelů pro predikci konkrétních veličin (pKa, log P) 7) Virtuální screening v chemoinformatice: “drug-likeness”, virtuální screening založený na struktuře ligandu, virtuální screening založený na struktuře receptoru 8) Deskriptory ADMET (adsorbce, distribuce, metabolismus, exkrece a toxicita), využití dokingu ve virtuálním screeningu, skórovací funkce 9-10) Chemoinformatické databáze: Databáze struktur molekul (DTP NCI, Pubchem, Drugbank, Zinc), databáze vlastností molekul a databáze deskriptorů. Vyhledávání v těchto databázích. 11-12) Moderní metodiky zpracování chemoinformatických dat: genetické algoritmy, neuronové sítě, analýza klastrů, support vector machines
- Literatura
- • Chemoinformatics Concepts, Methods, and Tools for Drug Discovery. Edited by Jürgen Bajorath. Humana Press Totowa, New Jersey, 2004
- • Chemoinformatics Approaches to Virtual Screening. Edited by Alexandre Varnek and Alex Tropsha. Royal Society of Chemistry, 2008
- Handbook of chemoinformatics :from data to knowledge in 4 volumes. Edited by Johann Gasteiger. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xlvii s.,. ISBN 3-527-30680-3. info
- Chemoinformatics : a textbook. Edited by Johann Gasteiger - Thomas Engel. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xxx, 649. ISBN 9783527306817. info
- Výukové metody
- přednášky s praktickými demonstracemi
- Metody hodnocení
- písemný test
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
- Statistika zápisu (podzim 2018, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2018/C2136