Bi5130 Základy práce s lidskou aDNA

Přírodovědecká fakulta
podzim 2020
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
Mgr. et Mgr. Kristýna Brzobohatá, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Dana Buriánková Fialová, Ph.D. (přednášející)
Garance
Mgr. Dana Buriánková Fialová, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. et Mgr. Kristýna Brzobohatá, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
St 16:00–17:50 prace doma
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 14 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem předmětu Základy práce s lidskou aDNA je seznámit posluchače s možnostmi studia ancient DNA (aDNA) a jejího využití z hlediska antropologie a archeologie. Přednášky doplňují laboratorní cvičení, ve kterých posluchači připraví kosterní materiál pro analýzu aDNA a naučí se základní metodiku práce s aDNA.
Výstupy z učení
Student bude po absolvování předmětu schopen: - popsat principy degradace DNA post mostem - vyjmenovat podmínky, které umožnily zachování DNA post mortem a vznik starobylé DNA (aDNA) - zvolit nejvhodnější část skeletu pro analýzu aDNA - optimalizovat protokol izolace tak, aby byly co nejvyšší výtěžky aDNA - upravit protokol PCR vzhledem ke komplikacím, které se pojí s charakterem aDNA - shrnout hlavní význam analýzy aDNA pro výzkum evoluce a historie člověka
Osnova
  • Obsah kurzu: • Obecné pojmy, historie studia aDNA. • Zdroje lidské aDNA, problematika práce s lidskou aDNA. • Zdroje kontaminace, autentičnost výsledků. • Mitochondriální aDNA. • Příprava vzorků, dekontaminace, dekalcifikace. • Extrakce aDNA, PCR. • Elektroforéza, sekvencování. • Určování pohlaví. • Identifikace. Příbuzenství. • Studium evoluce. Diagnostika onemocnění. Krevní skupiny.
Literatura
    doporučená literatura
  • HUMMEL, Susanne. Ancient DNA typing : methods, strategies and applications. Berlin: Springer, 2003, xii, 298. ISBN 3540430377. info
  • Ancient DNA : recovery and analysis of genetic material from paleontological, archaeological, museum, medical, and forensic specimens. Edited by Bernd Herrmann - Susanne Hummel. New York: Springer-Verlag, 1994, xi, 263. ISBN 0387943080. info
Výukové metody
přednášky
Metody hodnocení
písemný test + ústní zkouška Písemný test se skládá obvykle z 30 otázek hodnocených 30 body. K úspěšnému zvládnutí testu je potřeba dosáhnout alespoň 17 bodů.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.