Bi9127 Hodnocení statistických dat v Biologii člověka

Přírodovědecká fakulta
podzim 2020
Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: zk.
Vyučující
Mgr. Kateřina Dadáková, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Tomáš Zeman, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Eva Drozdová, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Eva Drozdová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 17:00–18:50 D36/347
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Studenti se v rámci kurzu seznámí se základními statistickými metodami pro hodnocení experimentálních dat v biologii člověka a naučí se je používat na reálných datech.
Výstupy z učení
Student bude po absolvování předmětu schopen:
- zvolit pro vyhodnocení konkrétních experimentálních dat v biologii člověka vhodné statistické metody;
- interpretovat výsledky statistického vyhodnocení dat
Osnova
  • 1) základní pojmy: typy znaků (nominální, ordinální, intervalové a poměrové znaky), popisná statistika, definice pravděpodobnosti, princip statistického testování hypotéz, statistický software
  • 2) rozdělení pravděpodobnosti: diskrétní a spojitá rozdělení pravděpodobnosti, kvalitativní a kvantitativní data, příklady diskrétních rozdělení, příklady spojitých rozdělení, základní charakteristiky dat
  • 3) vizualizace dat: bodový graf, histogram, krabicový graf, odlehlé hodnoty
  • 4) statistické vyhodnocení kvalitativních dat: kontingenční tabulka, Chi-test, Fisherův přesný test, Odds Ratio (OR), Risk Ratio (RR)
  • 5) statistické vyhodnocení asociační studie: typy asociačních studií, výběr dat pro asociační studii, vyhodnocení genomových asociačních studií (GWAS), problém mnohonásobného testování, Bonferroniho korekce
  • 6) stanovení chyby měření u kvalitativních dat: inter-observer error, intra-observer error, koeficient kappa
  • 7) parametrické testy pro statistického vyhodnocení kvantitativních dat: testování normality, nepárový t-test, párový t-test, testování shody rozptylů, ANOVA, post-hoc testy
  • 8) neparametrické testy pro statistického vyhodnocení kvantitativních dat: znaménkový test, Wilcoxonův test, Mannův-Whitneyův test, Kruskalův-Wallisův test
  • 9) vyhodnocení relativní genové exprese: výpočet relativní genové exprese, volba správného statistického testu
  • 10) korelační analýza: Pearsonův korelační koeficient, Spearmanův korelační koeficient, základy lineární regrese, linkage disequilibrium
  • 11) stanovení chyby měření u kvantitativních dat: TEM, koeficient reliability
  • 12) určení příbuznosti: Bayesova věta, podmíněná pravděpodobnost, princip určení otcovství na základě DNA
Literatura
    doporučená literatura
  • BUDÍKOVÁ, Marie, Maria KRÁLOVÁ a Bohumil MAROŠ. Průvodce základními statistickými metodami. vydání první. Praha: Grada Publishing, a.s., 2010, 272 s. edice Expert. ISBN 978-80-247-3243-5. URL info
Výukové metody
teoretická příprava, skupinová diskuze
Metody hodnocení
prezentace závěrečného projektu
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2019, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.