C2137 Pokročilá chemoinformatika - seminář

Přírodovědecká fakulta
podzim 2021
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D. (cvičící)
Garance
doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
NOW ( C2136 Pokročilá chemoinformatika )
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
V semináři se studenti naučí a prakticky si procvičí všechny kroky, nutné pro predikci fyzikálních a chemických vlastností molekul pomocí QSPR modelů. Dále získají praxi v práci s chemoinformatickými databázemi, konkrétně se v nich naučí vyhledávat molekuly a také jejich vlastnosti. Na závěr semináře se pak studenti seznámí s nástroji pro virtuální screening a procvičí si jejich používání.
Výstupy z učení
Po skončení semináře bude student schopen provádět klíčové chemoinformatické analýzy, pracovat s chemoinformatickými softwarovými nástroji a využívat je v praxi.
Osnova
  • QSPR modelování: Návrh QSPR modelu pro predikci pKa. Konkrétní kroky: Výběr deskriptorů, ověření vhodnosti výběru deskriptorů, parametrizace modelu, testování a validace modelu, cross-validace modelu, úpravy a zpřesňování modelu. Práce s různými nástroji pro tvorbu QSPR modelů (Ochem, ChemBench, QSPR Designer, atd.).
    Vyhledávání dat v chemoinformatických databázích: Vyhledávání molekul z vybraných chemických skupin a vytváření vlastní chemoinformatické datové sady, vyhledávání vlastností a výpočet deskriptorů pro dané molekuly, aplikace získaných datových sad pro tvorbu QSPR modelů.
    Virtuální screening: Metoda molekulového dokování, skórovací funkce, práce s programem AutoDock.
Literatura
  • • Chemoinformatics Approaches to Virtual Screening. Edited by Alexandre Varnek and Alex Tropsha. Royal Society of Chemistry, 2008
  • • Chemoinformatics Concepts, Methods, and Tools for Drug Discovery. Edited by Jürgen Bajorath. Humana Press Totowa, New Jersey, 2004
  • Handbook of chemoinformatics :from data to knowledge in 4 volumes. Edited by Johann Gasteiger. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xlvii s.,. ISBN 3-527-30680-3. info
  • Chemoinformatics : a textbook. Edited by Johann Gasteiger - Thomas Engel. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xxx, 649. ISBN 9783527306817. info
Výukové metody
řešení příkladů, provádění analýzy
Metody hodnocení
písemný test
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, podzim 2011 - akreditace, podzim 2013, jaro 2014, podzim 2014, podzim 2016, podzim 2018, podzim 2020, podzim 2023, podzim 2024.