PřF:C7800 Úvod do mol. mod. - cv. - Informace o předmětu

C7800 Úvod do molekulového modelování - cvičení

Rozsah

0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.

Vyučující

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Bouchal, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ivo Durník, Ph.D. (cvičící)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 17:00–17:50 C04/118

Předpoklady

NOW( C7790 Úvod do mol. mod. )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 3/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30

Mateřské obory/plány

• Biochemie (program PřF, D-BCH4)
• Biochemie (program PřF, N-BCH)
• Biomolekulární chemie (program PřF, D-BCH4)
• Biomolekulární chemie (program PřF, N-BCH)
• Fyzikální chemie (program PřF, D-CH4)
• Fyzikální chemie (program PřF, N-CH)
• Chemoinformatika a bioinformatika (program PřF, N-BCH)
• Materiálová chemie (angl.) (program PřF, D-CH4)
• Materiálová chemie (program PřF, D-CH4)
• Materiálová chemie (program PřF, N-CH)
• Modelování a výpočty (program PřF, B-MA)
• Organická chemie (program PřF, D-CH4)
• Organická chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Výstupy z učení

Student bude po absolvování předmětu schopen:
- vytvořit vhodné modely studovaných problémů;
- provést základní kvantově chemické a molekulárně mechanické výpočty;
- vypočítat interakční energie;
- nalézt tranzitní stav elementární reakce a určit její aktivační energii;
- popsat dynamiku malého molekulárního systému;

Osnova

• 1. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
• 2. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
• 3. Vypracování samostatných projektů

Literatura

• LEACH, Andrew R. Molecular modelling : principles and applications. 2nd ed. Harlow: Prentice Hall, 2001, xxiii, 744. ISBN 0582382106. info
• CRAMER, Christopher J. Essentials of computational chemistry : theories and models. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2004, xx, 596. ISBN 0470091819. info
• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
• REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info

Výukové metody

praktické cvičení

Metody hodnocení

Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).

Informace učitele

Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

• Statistika zápisu (podzim 2021, nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2021/C7800