FB840 Integrativní strukturní biologie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2021
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Karel Kubíček, PhD. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Ústav fyziky kondenzovaných látek – Fyzikální sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. Karel Kubíček, PhD.
Dodavatelské pracoviště: Ústav fyziky kondenzovaných látek – Fyzikální sekce – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Všeobecné povědomí o molekulové biofyzice, strukturní biologii a odpovídající matematický, chemický, biologický a fyzikální aparát
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Poskytnout studentům přehled technik a postupů umožňujících studium dynamiky a struktury biomolekul od malých proteinových domén až po velké molekulární komplexy (tzv. molekulární stroje).
Osnova
  • 1. Komplementární techniky studia struktury biomolekul: Nukleární magnetická rezonance (NMR), Rentgenová krystalografie (X-Ray), Elektronová paramagnetická rezonance (EPR), Hmotnostní spektrometrie (MS)
  • 2. Studium dynamiky biomolekul: Fluorescenční spektroskopie (FA), Nukleární magnetická rezonance (NMR)
  • 3. Určení interakčních konstant a interakčních rozhraní: Izotermální titrační kalorimetrie (ITC), Termoforéza (MST), Fluorescenční anisotropie (FA)
  • 4. Určení biomolekulárních komplexů: Rentgenový rozptyl pod malými úhly (SAXS), Výpočetní nástroje integrativní strukturní biologie, Zobrazovací nástroje.
Literatura
  • Iain D. Campbell: Biophysical Techniques, Oxford University Press, 1st Ed., 2012
  • Michael F Moody: Structural Biology Using Electrons and X-Rays, Academic Press, 1st Ed., 2011
  • Donald Voeth and Judith G. Voeth: Biochemistry 4th Ed., Willey, 2010
Výukové metody
Účast na přednáškách, samostatné studium literatury, řešení strukt. biol. problémů a diskuze
Metody hodnocení
Závěrečný test
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2019, podzim 2020, podzim 2022, podzim 2023.