Bi5000c Bioinformatika - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2022
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučující
Ing. Miloš Musil (cvičící)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (cvičící)
Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D. (cvičící)
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Adéla Finstrlová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jan Dvorský, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Marie Hamšíková (cvičící)
Mgr. Jana Horáčková (cvičící)
Ing. Marika Majerová (cvičící)
Mgr. Bc. Alan Strunga (cvičící)
Bc. Veronika Szotkowská (cvičící)
RNDr. Martin Toul, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Michal Vašina, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Aneta Vašková (cvičící)
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D. (cvičící)
Ing. Jan Velecký (cvičící)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
MUDr. Jan Mičan (pomocník)
Garance
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi5000c/01: St 11:00–12:50 B09/316, A. Finstrlová, M. Musil
Bi5000c/02: St 13:00–14:50 B09/316, I. Mašlaňová, M. Musil
Bi5000c/03: St 15:00–16:50 B09/316, M. Musil, R. Pantůček
Předpoklady
Bi5000 Bioinformatika || NOW( Bi5000 Bioinformatika ) && ! Bi9061 Bioinformatika – cvičení
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 75 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 5/75, pouze zareg.: 0/75, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/75
Mateřské obory/plány
předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Studenti si osvojí práci s řadou bioinformatických databází a nástrojů, které jsou běžně využívány v rámci biologického a biochemického výzkumu. Hlavním cílem tohoto kurzu je poskytnout studentům praktické zkušenosti s různými bioinformatickými databázemi a softwarovými nástroji. Cvičení se řídí teorií prezentovanou během přednášek Bioinformatiky I - nukleové kyseliny a Bioinformatika II - proteiny. Budeme se zabývat různými tématy od sekvence až po strukturální bioinformatiku. Očekává se, že se studenti naučí, jak nastavit bioinformatickou analýzu a jak správně interpretovat výsledky své analýzy.
Výstupy z učení
Výstupem kurzu Bioinformatika - cvičení je nová znalost a praktické zkušenosti studentů s bioinformatickými databázemi a nástroji. Po absolvování kurzu budou mít studenti nezbytné know-how a dovednosti pro samostatnou realizaci bioinformatických analýz. Absolventi kurzu budou schopni správně zvolit vhodné zdroje dat a nástroje pro různé úkoly spojené s analýzou dat z biologických a biochemických experimentů.
Osnova
  • 1. Bioinformatické databáze
  • 2. Manipulace se sekvenčními daty
  • 3. Návrh primerů a restrikční analýza
  • 4. Párové sekvenční přiložení
  • 5. Mnohonásobné sekvenční přiložení
  • 6. Hledání a identifikace genů
  • 7. Analýza proteinových sekvencí
  • 8. Anotace nukleotidové sekvence pro zaslání do databáze
  • 9. Strukturní databáze
  • 10. Předpověď struktury proteinů
Literatura
    doporučená literatura
  • CLAVERIE, Jean-Michel a Cedric NOTREDAME. Bioinformatics for dummies. 2nd ed. Hoboken, N.J.: Wiley, 2007, xviii, 436. ISBN 9780470089859. info
    neurčeno
  • XIONG, Jin. Essential bioinformatics. 1st pub. Cambridge: Cambridge University Press, 2006, xi, 339. ISBN 0521600820. info
  • ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
Výukové metody
cvičení v počítačové učebně
Metody hodnocení
Písemný test - řešení praktických úkolů
Informace učitele
http://loschmidt.chemi.muni.cz/bioinf
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2023, podzim 2024.