S1004 Methods for structural characterization of biomolecules

Přírodovědecká fakulta
podzim 2022
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Josef Houser, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Filip Melicher (přednášející)
MVDr. Eva Paulenová, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
Garance
Mgr. Josef Houser, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
At the end of the course students should be able to:
characterize protein sample for structural studies
understand and explain principles of crystal structure determination of proteins
solve X-ray protein structure
interpret electron density maps, analyze and validate pdb coordinates
Výstupy z učení
At the end of the course students should be able to:
characterize protein sample for structural studies
understand and explain principles of crystal structure determination of proteins
solve X-ray protein structure
interpret electron density maps, analyze and validate pdb coordinates
Osnova
  • 1. Biomolecular sample, characteristics, sample requirements 2. Sample quality analysis – stability, homogeneity 3. Structural methods for analysis of biomolecules, complementarity of techniques 4. Biomacromolecular crystals, crystallization techniques, crystallization experiment 5. Crystal properties, space group and symmetry, assymetric unit 6. Diffraction experiment, diffraciton images processing, methods for phasing, electron density 7. Structural model, density maps, model accuracy, validation, structural databases 8. Optimization of structural experiment 9. Laboratory practicals – characterization of protein sample and crystallization experiments
Literatura
    doporučená literatura
  • PECORA R. Dynamic Light Scattering: Applications of Photon Correlation Spectroscopy, Springer, 1985
  • Bergfors, T. M. Protein Crystallization: Second Edition, Oxford University Press, 2009.
  • Fundamentals of crystallography. Edited by Carmelo Giacovazzo. 2nd ed. Oxford: Oxford University Press, 2002, xix, 825 s. ISBN 0-19-850957-X. info
  • MAREK, Jaromír a Zdeněk TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. 1. vyd. Olomouc: Univerzita Palackého v Olomouci, 2002, 169 s. ISBN 8024405512. info
  • Circular dichroism and the conformational analysis of biomolecules. Edited by Gerald D. Fasman. New York: Plenum Press, 1996, ix, 738 s. ISBN 0-306-45142-5. info
Výukové metody
Intensive course covering lectures and class discussion
Metody hodnocení
in-term assessment, final written test
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
Course is being taught as a block of lectures, discussions and laboratory exercises at the end of semester - in the examination period.
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Poznámka k četnosti výuky: during exam period, February 7-9, 2017.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2023, podzim 2024.