Bi7540 Analýza dat v ekologii společenstev

Přírodovědecká fakulta
podzim 2023
Rozsah
1/2/0. 3 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Irena Axmanová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Kryštof Chytrý (přednášející)
doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jakub Těšitel, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 9:00–9:50 D31/238, Út 15:00–16:50 B09/316
Předpoklady
Bi5560 Základy statistiky pro biology && ! Bi7542 Data anal. commun. ecology
Studenti by měli mít základní znalosti programu R včetně manipulací s daty, jednoduchých analýz a tvorby grafů. Studenti by měli zvládat minimálně základní statistické metody (ANOVA, jednoduchá lineární regrese).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
V předmětu jsou probírány statistické metody zpracování dat o druhovém složení rostlinných nebo živočišných společenstev, bez ohledu na jejich taxonomické vymezení. Hlavní témata zahrnují: pokročilé příslupy manipulace dat, analzy diverzity, ordinační metody a metody numerické klasifikace. Na konci předmětu by studenti měli být schopni aplikovat příslušné analytické metody v prostředí R.
Výstupy z učení
Student by měl být schopen samostatně:
Zvolit vhodnou metodu analýzy dat za účelem zodpovězení konkrétní otázky týkající se diversity nebo druhového složemí ekologických společenstev;
Aplikovat tuto metodu;
Interpretovat výsledky analýzy;
Výsledky doprovodit grafickým výstupem;
Zahrnout analýzu do vědeckého textu;
Osnova
  • Typy dat v ekologii společenstev (složení společenstva, jednorozměrné charakteristiky společenstev, proměnné prostředí).
  • Příprava dat pro numerické analýzy, formáty dat popisujících ekologická společenstva a jejich převádění, exploratorní analýza dat
  • Výpočet indexů diversity a analýzy jejich vztahu k proměnným prostředí (mnohonásobná regrese), akumulační druhová křivka, rarefaction.
  • Ekologická nepodobnost (indexy nepodobnosti a vzdálenosti mezi vzorky)
  • Ordinační analýza (lineární vs unimodální, distance-based, přímá vs nepřímá, artefakty, ordinační diagramy, permutační testy, rozklad variance, parciální analýza)
  • Design ekologických experimentů (manipulativní experimenty vs pozorování)
  • Numerická klasifikace (hierarchická vs nehierarchická, aglomerativní vs divisivní)
Literatura
  • Oksanen J. Vegan vignetes https://cran.r-project.org/web/packages/vegan/vignettes/
  • ŠMILAUER, Petr a Jan LEPŠ. Multivariate Analysis of Ecological Data using CANOCO 5. 2nd ed. Cambridge: University Press, 2014, xii, 362. ISBN 9781107694408. info
  • BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info
Výukové metody
Teoretické přednášky, doplněné o praktické cvičení v počítačové učebně.
Metody hodnocení
Ke zkoušce je třeba vypracovat krátkou esej, ve které student zanalyzuje vlastní nebo zapůjčená data pomocí probíraných statistických metod. Esej má podobu metodiky a výsledků vědeckého článku. Poté studenti prezentují eseje na kolokviu. Výsledná známka závisí na kvalitě eseje, prezentace a diskuze na kolokviu.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, podzim 2011 - akreditace, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, podzim 2024.