C7350 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2023
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Pá 8:00–9:50 C02/121
Předpoklady
NOW( C7250 Charakterizace proteinů MS )
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 31 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem předmětu je vysvětlit studentům principy metod pro identifikaci proteinů pomocí MS a MS/MS dat, praktické použití vhodných prohledávacích programů pro identifikaci proteinů a základy interpretace MS/MS spekter.
Výstupy z učení
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět základům identifikace proteinů pomocí MS a MS/MS dat;
vybrat a používat vhodný prohledávací program pro identifikaci proteinů;
porozumět základům interpretace MS/MS spekter.
Osnova
  • Interpretace MS dat;
  • Interpretace MALDI-MS/MS a ESI-MS/MS dat;
  • Identifikace proteinů pomocí MS a MS/MS dat;
  • Úvod do de-novo sekvenování;
  • Charakterizace modifikací proteinů - určení druhu a místa;
Literatura
    doporučená literatura
  • SNYDER, Peter A. Interpreting protein mass spectra :a comprehensive resource. Oxford: Oxford University Press, 2000, xi, 522 s. ISBN 0-8412-3571-6. info
Výukové metody
praktická cvičení na počítači
Metody hodnocení
individuální zpracování modelových dat
Informace učitele
Cvičení se střídá s přednáškou (C7250). Začínáme dvěma přednáškami, Cvičení bude probíhat v mistnosti C02/1.21. Termíny budou upřesněny.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2024.