E8678 Aplikovaná analýza přežití

Přírodovědecká fakulta
podzim 2023
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Zdeněk Valenta, M.Sc., M. S., Ph.D. (přednášející)
RNDr. Tomáš Pavlík, Ph.D. (přednášející)
Garance
RNDr. Tomáš Pavlík, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: RNDr. Tomáš Pavlík, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
St 12:00–15:50 F01B1/709
Předpoklady
Bi5045 Biostatistika pro matematickou biologii
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem předmětu je seznámit studenty s hlavními pojmy analýzy přežití a se základními statistickými metodami a modely pro hodnocení dat o přežití. Studenti se naučí rozumět datům o přežití a jejich nejčastějším nedostatkům, naučí se sestrojit nejpoužívanější odhady a modely vysvětlující vliv proměnných na čas do výskytu sledované události. Předmět je zaměřen zejména na praktické aplikace spíše než na matematické důkazy.
Výstupy z učení
Na konci tohoto kurzu student:
- rozumí základním pojmům analýzy přežití,
- umí definovat funkci přežití a rizikovou funkci a zná funkční vazby mezi nimi,
- zná základní rozdělení pravděpodobnosti dat přežití,
- je schopen sestrojit základní odhady funkce přežití a kumulativní rizikové funkce včetně intervalu spolehlivosti,
- umí definovat a ověřit princip proporcionality rizik,
- je schopen aplikovat Mantelův-Haenszelův logrank test na data přežití dvou skupin subjektů,
- zná výhody a nevýhody neparametrických a parametrických modelů přežití,
- umí zformulovat, vysvětlit a použít modely proporcionálních rizik, model zrychleného času, Aalenův aditivní model a Grayův flexibilní model s v čase proměnnými regresními koeficienty,
- rozumí významu regresních koeficientů modelu.
Osnova
  • Základní pojmy analýzy přežití
  • Základní neparametrické odhady
  • Parametrické odhady
  • Metody pro srovnání křivek přežití
  • Relativní přežití
  • Regresní modely v analýze přežití
  • Coxův PH model
  • Aalenův aditivní model
  • Grayův flexibilní model se v čase proměnnými regresními koeficienty
Literatura
    doporučená literatura
  • KLEIN, John P. a Melvin L. MOESCHBERGER. Survival analysis : techniques for censored and truncated data. New York: Springer, 1997, xiv, 502. ISBN 0387948295. info
  • MARUBINI, Ettore a Maria Grazia VALSECCHI. Analysing survival data from clinical trials and observational studies. Chichester: John Wiley & Sons, 1995, xvi, 414. ISBN 0471939870. info
Výukové metody
Prezenční výuka, diskuze, projektový úkol pro studenty ve skupinách
Metody hodnocení
1 závěrečný písemný test (30 otázek, každá hodnocena 1 bodem, k úspěšnému zvládnutí je zapotřebí dosáhnout alespoň 25 bodů), závěrečný (skupinový) projekt, ústní zkouška v případě nezvládnutí testu.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2022, podzim 2024.