C5845 Pokročilá biofyzikální chemie - teoretické metody

Přírodovědecká fakulta
podzim 2024
Rozsah
2/1/0. 3 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D. (cvičící)
Thomas Peter Fellmeth (cvičící)
Garance
doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Úspěšné ukončení předmětu C5850 - Základy biofyzikální chemie a předmětu C5855 - Metody biofyzikální chemie (přednášky) C 5856 (semináře.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem předmětu je získat hlubší znalosti biofyzikální chemie pro její aplikace ve výzkumu biomolekul. Důraz je kladen na teoretický popis biomolekulárních systémů v roztocích pomocí fyzikálně-statistických a výpočetních metod.
Výstupy z učení
Studenti budou po absolvování tohoto předmětu umět: - charakterizovat obecné vlastnosti proteinů a nukleových kyselin v roztocích a popsat základní faktory přispívající k jejich stabilizaci - aplikovat fyzikálně chemické přístupy pro studium interakcí biomolekulárních systémů z termodynamického i kinetického hlediska - využívat vhodné výpočetní metody pro charakterizaci biomolekulárních systémů na atomární úrovni.
Osnova
  • 1.Pravděpodobnostní teorie (Jak molekuly ví, že se mají dostat do rovnováhy?) 2.Rovnovážná statistická mechanika (ergodická teorie, fluktuace) 3.Parametry biomolekulárních silových polí a molekulová dynamiky 4.Výpočetní simulace se zesíleným vzorkováním (molekulová dynamika se záměnou replik - REMD) 5.Výpočty volných energií 6.Výpočty potenciálu středního pole (PMF) 7.Rozpustnost a hydrofobicita 8.Vazební afinita 9.Konformační a alosterické změny 10.Kinetika konformačních změn 11.Skládaní proteinů 12.Fázové přechody proteinů (stav molten-globule) Literatura: [1] Peter R. Bergethon: The Physical Basis of Biochemistry [2] Finkelstein and Pittsyn: Protein Physics [3] Cantor & Schimmel: Biophysical Chemistry, Part I [4] Zuckerman D.M.: Statistical Physics of Biomolecules
Literatura
    doporučená literatura
  • CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. New York: W.H. Freeman and Company, 1980, s. i-xxix. ISBN 0716711907. info
  • CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. New York: W.H. Freeman and Company, 1980, xxvii, 341. ISBN 0716711885. info
  • CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. New York: W.H. Freeman and Company, 1980, s. i-xxix. ISBN 0716711923. info
Výukové metody
přednáška (2 hod.) zahrnující výpočtové příklady
Metody hodnocení
zkouška skládající se z písemné a ústní části
Vyučovací jazyk
Angličtina
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2024/C5845