Z8055 Metody FG 3 - biogeografie, pedogeografie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2024
Rozsah
1/2/0. 5 kr. Ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
RNDr. Jan Divíšek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Filip Hrbáček, Ph.D. (přednášející)
Garance
RNDr. Jan Divíšek, Ph.D.
Geografický ústav – Sekce věd o Zemi – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: RNDr. Jan Divíšek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Geografický ústav – Sekce věd o Zemi – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
St 8:00–8:50 Z2,01032
  • Rozvrh seminárních/paralelních skupin:
Z8055/01: St 9:00–10:50 Z2,01032, J. Divíšek, F. Hrbáček
Předpoklady
Absolvování předmětu je doporučeno všem studentům se zájmem o biogeografii, (krajinnou) ekologii a pedologii počínaje 3. ročníkem bakalářského studia. Je ovšem vhodný i pro zájemce o jinak zaměřené prostorové analýzy, neboť mnohé metody jsou obecně použitelné. Z formálních důvodů je potřeba, aby bakalářští studenti požádali při zápisu o výjimku, která bude automaticky schválena.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 12/20, pouze zareg.: 0/20
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Studenti se naučí zpracovat a analyzovat svá data tak, aby naplnili výzkumné otázky stanovené v zadání bakalářské či diplomové práce. Pomocí dostupného softwaru (především ArcGIS, R, SAM) se naučí aplikovat numerické metody hojně využívané v ekologii, biogeografii a pedologii a graficky i tabelárně prezentovat výsledky analýz. Speciální pozornost bude věnována práci v programu R. Cílem předmětu je, aby studenti byli schopni jednotlivé metody aktivně využívat a správně interpretovat jejich výsledky.
Výstupy z učení
Studenti budou schopni zpracovávat a analyzovat svá data v prostředí R a vybraných GIS. Budou schopni aktivně využívat různé statistické metody a správně interpretovat jejich výsledky.
Osnova
  • Zde je předběžná osnova předmětu, nicméně skutečná náplň předmětu se může měnit podle potřeb studentů.
  • 1. Úvod – osnova předmětu, literatura, software, seznámení se vzorovými daty, instalace R, R Studia, přehled biogeografických a environmentálních dat.
  • 2. Úvod do R – základy práce s R, práce s vektory, maticemi, data framy a listy, cykly v R, import dat, popisné statistiky (boxploty, histogramy atp.), vizualizace dat v R, základy manipulace s prostorovými daty.
  • 3. Korelace a regrese v R – výpočet korelačního koeficientu (Pearsonův a Spearmanův korelační koeficient), zásady pro tvorbu lineárního regresního modelu (LM), rozklad variance (R2 a adjustovaný R2), výběr vysvětlujících proměnných (Forward selection), zobecněné lineární modely (GLM, logistická regrese). Korelace matic vzdáleností (Mantel correlation).
  • 4. Machine-learning methods - CART + Random Forests - klasifikační a regresní stromy (CART), Random forests pro prediktivní modelování a měření významnosti proměnných, evaluace modelu (k-fold cross-validation, bootstrapping)
  • 5. Species distribution modelling - MaxEnt pro predikci rozšíření druhů, vlastní výpočty a ukázky aplikací.
  • 6. Prostorová autokorelace – měření u jednorozměrných dat (Moran’s I) a vícerozměrných dat (Mantel correlation), vliv na výsledky analýz, možnosti vyjádření prostorové blízkosti v numerických analýzách (XY, polynomy, PCNM, MEM proměnné), příklady použití, prostorové metody v SAM.
  • 7. Numerická klasifikace – metody hierarchické klasifikace (Single linkage, Complete linkage, UPGMA, Wardova metoda, β flexible), nehierarchická klasifikace (k-means), prostorově omezená klasifikace. Vlastní výpočty (SAM, Statistica, R) a ukázky aplikací.
  • 8. Gradientová analýza – lineární vs. unimodální metody, přímá vs. nepřímá ordinační analýza se zaměřením na Principal Component Analysis (PCA), Principal Coordinate Analysis (PCoA). Testování proměnných (Monte Carlo permutační test), kovariáty a parciální ordinace, výpočet v R a ukázky aplikací.
  • 9. Statistické metody v pedologii - příklady využití vhodných statistických metod pro zpracování pedologických dat.
  • 10. Základy prostorové interpolace - typy vzorkování, základní interpolační metody, práce se software Surfer
  • 11. Využití dálkového průzkumu země - zdroje satelitních dat a jejich aplikace v pedogeografii, základy zpracování multispektrálních snímků v prostředí GIS (Arcgis Pro)
Literatura
    doporučená literatura
  • BORCARD, Daniel, François GILLET a Pierre LEGENDRE. Numerical ecology with R. New York: Springer, 2011, xi, 306. ISBN 9781441979759. info
  • FORTIN, Marie-Joseé a Mark R. T. DALE. Spatial analysis : a guide for ecologists. 1st pub. Cambridge: Cambridge University Press, 2005, xiii, 365. ISBN 0521009731. info
  • LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 3rd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 2012, xvi, 990. ISBN 9780444538680. info
  • PEKÁR, Stano a Marek BRABEC. Moderní analýza biologických dat. 1. vyd. Praha: Scientia, 2009, x, 225. ISBN 9788086960449. info
  • LEPŠ, Jan a Petr ŠMILAUER. Multivariate analysis of ecological data using CANOCO. Cambridge: Cambridge University Press, 2003, xi, 269 s. ISBN 0-521-81409-X. info
Výukové metody
Teoretické přednášky doplněné o praktické cvičení, ukázky různých studií, diskuse. Předmět bude zaměřen především na získání praktických dovedností v R a GIS.
Metody hodnocení
Ke zkoušce je třeba vypracovat krátkou studii, ve které student zanalyzuje vlastní nebo zapůjčená data pomocí probíraných statistických metod. Podrobné pokyny k vypracování studie budou sděleny v průběhu semestru. Vlastní zkouška bude probíhat jako diskuse nad zpracovanou studií, rozšířená o doplňující dotazy týkající se teoretického pozadí jednotlivých statistických metod.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2016, podzim 2016, jaro 2017, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2024/Z8055